2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在动物基因组学中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在动物基因组学中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.在动物全基因组测序数据中，重复序列通常占比较大，这给基因组组装和注释带来了挑战。以下哪项技术或策略对于处理动物基因组中的重复序列特别有效？

A.仅使用短读长测序数据进行组装

B.优先选择基因密度较高的区域进行注释

C.结合使用长读长（如PacBio）和短读长（如Illumina）测序数据

D.依赖已知的参考基因组进行映射组装

2.当需要比较两个物种（例如人类和小鼠）基因组上的基因功能保守性时，最常使用的生物信息学数据库是？

A.NCBIGenBank

B.Ensembl

C.UniProt

D.PDB(ProteinDataBank)

3.在动物RNA-Seq数据分析中，用于检测基因在不同组织或条件下表达水平差异的常用统计方法或软件包是？

A.BLAST

B.GATK

C.DESeq2

D.Samtools

4.以下哪项技术通常用于检测动物基因组中的结构变异（StructuralVariations,SVs），如染色体易位、倒位或缺失？

A.基因芯片（Microarray）

B.基因捕获（CaptureSequencing）

C.基于深度测序的SV检测工具（如Manta,DELLY）

D.RNA-Seq

5.在进行动物基因组比较基因组学研究时，构建系统发育树的主要目的是？

A.确定基因组大小

B.预测基因功能

C.推测物种间的进化关系

D.检测基因组中的SNPs

6.对于缺乏参考基因组的非模式动物（如濒危物种），进行基因组组装和注释时，可以考虑采用的主要策略是？

A.完全依赖公共数据库进行自动注释

B.使用高通量RNA-Seq数据进行转录组导向注释

C.仅使用短读长测序数据进行从头组装

D.忽略基因组注释步骤

7.QTL（数量性状位点）定位研究在动物遗传改良中具有重要意义。生物信息学方法在QTL定位中主要应用于？

A.直接测序鉴定致病基因

B.构建高密度基因图谱

C.分析基因组区域与复杂性状表型间的关联

D.预测蛋白质的三维结构

8.在动物宏基因组学研究中，对环境样本（如动物肠道内容物）测序后，进行物种注释的主要目的是？

A.检测宿主病原体

B.评估样本纯度

C.确定样本中包含的微生物群落组成

D.构建宿主基因组草图

9.以下哪种变异类型通常在动物体细胞突变致癌模型中起关键作用？

A.单核苷酸多态性（SNP）

B.重复序列序列变异（Indel）

C.染色体平衡易位

D.染色体片段缺失

10.使用生物信息学工具对动物基因组数据进行变异检测后，下一步通常需要进行的重要步骤是？

A.对原始测序数据进行质量控制

B.将检测到的变异与已知基因注释进行映射

C.重新进行基因组组装

D.对测序平台进行选择

二、填空题（每空2分，共20分）

1.生物信息学在动物基因组学研究中的核心任务包括基因组__________、__________、变异检测和功能注释等。

2.用于比较不同基因组序列相似性的常用指标是__________，它反映了两个基因组之间在核苷酸或氨基酸水平上的差异程度。

3.RNA-Seq数据分析流程通常包括reads的质量控制、__________、差异表达分析等主要步骤。

4.在动物遗传育种中，基因组选择利用全基因组标记信息来预测个体未来表现，常用的统计模型包括__________和基于机器学习的方法。

5.ChIP-Seq技术通过结合DNA和蛋白质的相互作用信息，可以用于研究动物的__________组学。

三、简答题（每题5分，共15分）

1.简述BLAST（基本局部对齐搜索工具）在动物基因组学研究中的主要应用。

2.动物基因组组装面临的主要挑战有哪些？请列举至少两点。

3.简要说明比较基因组学中，构建多物种系统发育树的步骤和意义。

四、论述题（每题10分，共20分）

1.详细描述如何利用生物信息学方法分析一个新测序的动物物种（假设为“物种X”）的基因组，以获取其基因组成和基本生物学信息。请列出主要的分析步骤和方法。

2.假设你获得了