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2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学解析老年痴呆症的发病机制

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述阿尔茨海默病（AD）的主要病理特征及其与疾病发生发展的关系。

二、

列举至少三种可用于获取老年痴呆症相关基因表达数据的生物信息学数据库，并简述其中至少一个数据库的特点。

三、

描述利用RNA-Seq数据进行分析的基本流程，至少包括两个关键步骤及其目的。

四、

解释什么是功能富集分析（如GO或KEGG分析），并说明其在解读基因表达数据时的作用。

五、

简述蛋白质相互作用网络（PPI）在研究复杂疾病（如AD）发病机制中的应用价值。

六、

说明在生物信息学研究中，整合多组学数据（例如基因表达数据和基因组变异数据）的意义何在，并可能面临哪些挑战。

七、

介绍机器学习或人工智能技术在老年痴呆症研究中的一个具体应用实例，并简述其基本原理。

八、

假设你获得了一组来自AD患者和健康对照者的全基因组测序（WGS）数据，请设计一个初步的生物信息学分析方案，用于识别可能与AD发病相关的遗传变异。你的方案应至少包含三个主要分析步骤。

九、

讨论在利用生物信息学方法解析AD发病机制时，数据分析结果可能存在的局限性，并举例说明。

十、

阅读以下模拟的摘要内容（摘要内容：本研究利用公共数据库获取了AD患者和对照者的脑脊液（CSF）蛋白质组学数据，通过生物信息学方法分析了差异表达蛋白质。我们发现一系列与神经炎症和Tau蛋白病理相关的蛋白质显著上调，并通过蛋白质相互作用网络分析揭示了这些蛋白质可能形成的功能模块。我们的结果表明，这些生物标志物网络可能为AD的诊断和监测提供新的线索）。请基于该摘要，提出至少三个进一步研究的生物信息学方向。

试卷答案

一、

阿尔茨海默病（AD）的主要病理特征包括：①β-淀粉样蛋白（Aβ）沉积形成的细胞外老年斑（SenilePlaques）；②Tau蛋白过度磷酸化聚集形成的神经纤维缠结（NeurofibrillaryTangles,NFTs）；③神经元丢失及突触损伤；④神经元炎症反应。这些病理变化导致神经元功能障碍、死亡，最终引起认知功能进行性衰退。

二、

可用的数据库包括：NCBIGeneExpressionOmnibus(GEO)、EuropeanNucleotideArchive(ENA)、ArrayExpress。其中GEO是美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的一个大型公共基因表达数据库，收录了来自全球各地的基因芯片、RNA-Seq等表达谱数据。其特点在于数据量大、来源广泛、更新频繁，并提供多种工具辅助数据检索和预处理。

三、

基本流程包括：①数据预处理：清洗原始测序数据（如去除低质量读段、去除Adapter序列），进行质量控制（如使用FastQC检查数据质量），然后进行比对（如使用STAR或HISAT2将RNA-Seq读段比对到参考基因组）。②差异表达分析：比较不同组（如AD患者vs对照）间的基因表达水平，识别显著差异表达的基因（如使用DESeq2或edgeR进行计算）。目的在于找出在AD状态下表达发生显著变化的基因，这些基因可能参与疾病发生发展。

四、

功能富集分析是统计学方法，用于评估一组特定基因（如差异表达基因集）在已知生物学功能、通路或分子过程中富集的程度。其作用在于，当从实验数据中鉴定出许多差异表达基因时，功能富集分析可以帮助我们理解这些基因collectively参与哪些主要的生物学过程或通路，从而从分子水平上解释实验结果，揭示基因集背后的生物学意义。

五、

PPI网络通过展示蛋白质之间的相互作用关系，可以揭示蛋白质在细胞内的功能模块和信号通路。在研究AD发病机制时，PPI网络有助于识别核心调控蛋白、关键信号通路以及潜在的药物靶点。例如，通过分析AD相关基因编码的蛋白质在网络中的位置和连接度，可以找到可能对疾病发生起关键作用的中心蛋白或通路，为理解疾病机制和寻找干预靶点提供线索。

六、

整合多组学数据的意义在于，单一组学数据往往只能提供疾病的部分信息，而整合分析可以融合不同层次、不同类型的数据（如基因表达、遗传变异、蛋白质修饰等），提供更全面、更立体的疾病视图，有助于发现单组学分析难以揭示的复杂生物学机制、交互作用和潜在生物标志物。面临的挑战包括数据来源的异质性（如不同实验平台、物种）、数据量的庞大、数据整合方法的复杂性和计算资源需求、以及如何有效处理和解读整合后的复杂信息。

七、

机器学习在AD研究中的一个应用实例是利用机器学习模型预测AD风险或进行早期诊断。其基本原理是利用已标记（即已知是否患有AD）的大规模数据集（包含各种特征，如基因组数据、基因表达数据、临床指标、影像学特征等），训练一个机器学