高通量测序在生物学的应用.ppt

肺癌组织比较基因组研究发现了超过5万个基因点突变，其中530个得到确认，它们当中392个在编码区域，包括以前已知的变异，如KRAS“原致癌基因”突变和放大体细胞单核苷酸突变趋势和模式统计第30页，共61页，星期日，2025年，2月5日MAPK信号通路中多个基因的突变的作用模式肺癌组织比较基因组研究表明遗传上复杂的肿瘤可能包含很多部分冗余的突变，而且要识别复发性致癌“驱动突变”（drivermutation），将需要对很多尚未测序的样本进行测序。这些癌基因的发现对于未来研究肺癌靶向治疗，以及基因突变具有重要的意义第31页，共61页，星期日，2025年，2月5日犹他大学（Universityofutah），CompleteGenomics公司，华盛顿大学等对一对夫妻和他们的两个孩子进行了全基因组测序。这家的两个孩子都患有米勒综合征和原发性纤毛运动障碍，这两种疾病都是常染色体隐性遗传病测序深度分别为父亲88倍，母亲51倍，儿子52倍，女儿54倍Coachetal.,Science(2010)328(597):636–639应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力第32页，共61页，星期日，2025年，2月5日父母和子女的测序覆盖度分别达到91%、85%、92%和91%与参考序列相比，96%序列至少在一个家系成员中被检测到，81%序列在家系四个成员中都检测到应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力测序数据与NCBI参考基因组序列比较分析测序数据统计第33页，共61页，星期日，2025年，2月5日通过比较两代之间的基因组序列，科学家们对儿童基因组描绘出精确的重组图谱。这让他们校正了70%的测序错误，使测序准确率达99.999%。使研究人员精确确定了重组位点和稀有的单核苷酸多态性。在他们最终的分析中，只保留了四个候选基因的突变，包括已知在纤毛运动障碍中突变的基因以及导致米勒综合征的变异体应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力重组图谱SNP分析第34页，共61页，星期日，2025年，2月5日这些结果暗示对任何简单的单基因遗传病，一个或两个家庭的全基因组测序就有可能鉴定出致病突变研究人员还第一次估算出两代人之间的遗传突变率，即基因组从一代人到下一代人的遗传过程中会发生多大程度的改变，约为1.1×10-8。结果发现，从父母到孩子的基因变异率仅为之前医学界预期的一半。应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力第35页，共61页，星期日，2025年，2月5日哈佛医学院计算遗传中心主任GeorgeChurch提出PGP目标是创建一个包含100,000人、公众可以公开访问的在线基因库，帮助科学家了解基因之间的联系和遗传特征现已公布了1000人的基因组序列个人基因组测序是个性化医疗保健的基础个人基因组计划（PGP）/GeorgeChurch和他的研究团队第36页，共61页，星期日，2025年，2月5日重测序意义在个体或群体水平进行差异性分析辅助分子育种，能够快速的进行种质资源普查筛选遗传进化分析及重要性状候选基因预测遗传疾病分析第37页，共61页，星期日，2025年，2月5日主要报告内容高通量测序简介从头测序及其应用重测序及其应用转录组测序及其应用SmallRNA测序及其应用第38页，共61页，星期日，2025年，2月5日RNA是遗传信息的载体第39页，共61页，星期日，2025年，2月5日应用RNA-seq分析葡萄浆果发育过程中转录组意大利维罗纳大学Vitisvinifera（葡萄）浆果发育三个阶段中（开花后5周、10周和15周，即着果期、转色期和成熟期三种发育阶段中）的转录组研究数据量超过59M的36至44bp读长，82%的测序序列能够比对到基因组上第一次使用RNA-seq分析葡萄浆果发育过程中的基因转录差异有参考序列第40页，共61页，星期日，2025年，2月5日分析92,051剪切点，大约0.8%剪切点参与385个基因的可变剪切与葡萄参考基因组（PinotNoir40024）比较，检测到85870个eSNP应用RNA-seq分析葡萄浆果发育转录组分析基因的可变剪切第41页，共61页，星期日，2025年，2月5日鉴定了浆果发育过程中的17324个基因，其中的6695的基因是以时期特异性方式表达的分析浆果发育过程中的marker基因，表明RNA-seq分析的准确性应用RNA-seq分析葡萄浆果发育转录组第42页，共61页，星期日，2025年，2月5日中科院上海生命科学院、北京基因组所和上海交通大学对一个j