2025年大学《生物信息学》专业题库—— 转录本组学技术在基因表达调控中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——转录本组学技术在基因表达调控中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述转录组学的定义及其在研究基因表达调控中的重要性。请至少列举三种不同类型的RNA，并说明它们在基因表达调控中可能扮演的角色。

二、

比较第一代RNA测序技术与第二代RNA测序技术在原理、通量、读长、准确性及成本等方面的主要差异。

三、

描述RNA测序数据预处理的主要步骤。请详细说明在数据质量控制（QC）阶段需要关注哪些关键指标，并解释每个指标的意义。列举至少三种常用的数据预处理工具。

四、

在进行差异表达分析时，常用的统计模型有哪些？请简述DESeq2或edgeR等常用工具中核心的统计假设。解释FoldChange和FDR这两个指标分别代表什么，并说明它们在结果解读中的重要性。

五、

假设你获得了一份比较正常组织与肿瘤组织样品的RNA测序数据。请设计一个基本的分析流程，阐述你将如何利用这些数据来鉴定在肿瘤发生发展中可能起关键作用的差异表达基因（DEGs）。你需要说明分析涉及的主要步骤、可能使用的工具或方法，以及每个步骤的目的是什么。

六、

什么是lncRNA？请结合转录本组学数据在lncRNA鉴定和分析中的应用，描述一种研究lncRNA潜在功能的思路或方法。你需要说明如何利用转录本组数据初步筛选候选lncRNA，并阐述后续可能的分析步骤。

七、

转录本组学数据可以提供哪些信息来帮助我们理解基因的时空表达模式？请结合一个具体的生物学例子（如发育过程或组织特异性表达），说明如何利用转录本组学数据进行相关研究。

八、

在实际的RNA测序数据分析中，可能会遇到哪些常见的挑战或伪影？请至少列举三种，并简要说明它们是如何影响分析结果的，以及如何尝试克服或校正这些问题。

试卷答案

一、

转录组学是研究生物体转录本（所有RNA分子）集合的科学，它能够揭示基因表达的动态变化和调控网络。研究转录组学对于理解基因功能、细胞分化、发育过程以及疾病发生机制至关重要。不同类型的RNA在基因表达调控中扮演不同角色：

*mRNA（信使RNA）：转录后的主要功能是携带遗传信息从DNA传递到核糖体，指导蛋白质的合成。

*lncRNA（长链非编码RNA）：长度大于200个核苷酸的RNA分子，不直接编码蛋白质，但可以通过多种机制调控基因表达，如抑制转录、调控染色质结构、调控mRNA的稳定性或翻译等。

*circRNA（环状RNA）：通过反向剪接形成的环状RNA分子，具有稳定性高、不易降解、可能作为miRNA的竞争性内源适配体（ceRNA）等特性，参与基因表达调控。

解析思路：第一步，明确转录组学的定义，强调其研究对象是转录本集合，并点出其在理解生命活动中的核心作用。第二步，列举常见的RNA类型（mRNA是主要功能RNA，lncRNA和circRNA是重要的非编码RNA），第三步，针对每种RNA，简述其基本功能，并着重强调其在基因表达调控中的具体作用机制，体现对各类RNA功能的理解深度。

二、

第一代RNA测序技术（如Sanger测序）基于荧光标记的核苷酸逐个延伸测序，读长较长（几百个碱基），准确性高，但通量低、成本高、文库构建复杂。第二代RNA测序技术（如Illumina测序）采用并行测序原理，通过簇化PCR产生大量簇状DNA分子，然后进行飞行时间（FT）检测，通量极高、成本相对较低、周转时间短，但读长相对较短（几十到几百个碱基），可能存在一些序列偏好性，且对复杂转录本（如含有大量重复序列）的组装和定量有一定挑战。

解析思路：按照题目要求，从原理、通量、读长、准确性和成本五个维度进行比较。首先明确两种技术的基本测序原理。然后，分别就通量（测序速度和产出数据量）、读长（单次测序能读出的碱基对数）、准确性（测序结果与真实序列的吻合程度）和成本（完成同等规模测序所需费用）进行对比，并简要说明各自的优势和劣势。

三、

RNA测序数据预处理的主要步骤包括：质量控制（QC）、读取过滤、比对和表达量计算。

质量控制阶段需关注的关键指标及其意义：

*ReadsperMillion(RPM)/MillionsofReadsperMillionbases(MRPM)：反映测序深度，即每百万个测序读数或每百万个碱基对有多少个测序读数，用于评估样本的转录活性。

*Q30百分比：指测序读数中，每个碱基位置上Phred质量分数大于或等于30的碱基所占的百分比，代表测序质量，Q30越高，数据质量越好。

*Adapter序列比例：指Reads中包含已知接头序列（Adapter）的比例，用于评估去除接头效果。

*多映射率（Multimapping