2025年大学《生物信息学》专业题库—— 基因表达调控网络分析的生物信息学方法.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——基因表达调控网络分析的生物信息学方法

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题

1.在基因表达调控网络分析中，以下哪一项不属于核心调控网络的基本组成要素？

A.基因

B.转录因子

C.调控元件（如启动子、增强子）

D.蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)

2.以下哪种数据库最常被用来存储和检索基因序列信息？

A.GO(GeneOntology)

B.KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)

C.NCBIGenBank

D.PDB(ProteinDataBank)

3.对原始基因表达数据进行标准化处理的目的是什么？

A.降低实验误差

B.消除批次效应

C.增加数据变异性

D.以上都是

4.差异表达分析的主要目的是什么？

A.识别在不同条件下表达水平发生显著变化的基因

B.构建基因之间的共表达网络

C.预测基因的功能

D.确定转录因子的结合位点

5.以下哪种算法通常用于从基因表达数据中构建共表达网络？

A.基于序列相似性的BLAST算法

B.基于物理相互作用的酵母双杂交算法

C.基于表达相关性（如Pearson或Spearman距离）的聚类算法

D.基于结构模型的同源建模算法

6.在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中，连接两个节点的边通常代表什么？

A.基因之间的共表达关系

B.蛋白质之间的直接物理相互作用

C.基因调控关系

D.蛋白质修饰状态

7.以下哪个指标常被用来量化基因或蛋白质在网络中的重要性？

A.基因表达量

B.网络密度

C.中心性（如度中心性、介数中心性）

D.相对分子质量

8.基于表达谱的调控网络推理方法主要依赖于什么？

A.已知的实验验证的调控关系

B.蛋白质-DNA相互作用实验数据

C.基因表达模式之间的统计学关联

D.蛋白质序列的相似性

9.以下哪个工具包主要基于R语言，广泛用于生物信息学数据分析，包括网络分析？

A.Bioconductor

B.Scikit-learn

C.TensorFlow

D.PyTorch

10.对构建好的基因调控网络进行拓扑分析，主要关注哪些方面？

A.网络的连通性、模块结构

B.节点的度、介数中心性等

C.网络的动态变化

D.以上都是

二、简答题

1.简述利用基因芯片或RNA-Seq数据进行分析的典型流程。

2.解释什么是差异表达基因(DEG)，并简述常用的两种差异表达分析方法及其原理。

3.描述共表达网络分析的基本思想，并说明其在基因功能推断中的应用。

4.什么是蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络？简述构建PPI网络的常用实验方法中的一种。

5.简述基于表达谱推断基因调控关系的基本思路。

三、计算题/分析题

假设你对某种模式生物（如酵母）在两种不同胁迫条件下（条件A和条件B）进行了基因表达谱分析，获得了表达值矩阵。经过标准化和差异表达分析，你识别出10个在条件B下显著上调、在条件A下显著下调的基因(Gene1至Gene10)。请简述你将如何利用这些差异表达基因的信息，结合至少两种不同的生物信息学方法或数据库资源，来初步推断可能参与这种胁迫响应的核心调控因子及其调控机制。

四、综合应用题

你获得了一组来自某人类癌症样本的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据。请详细阐述你将如何运用生物信息学方法分析这组数据，以探索与癌症发生发展相关的潜在基因调控网络。你的分析计划应至少包含以下步骤：数据预处理与质量控制、细胞类型识别、差异表达分析（在特定细胞类型间）、关键基因/模块识别、构建调控网络（考虑共表达和可能的调控关系推断）、网络拓扑特征分析以及结果的可视化与生物学解释。在阐述过程中，请说明每个步骤可能使用的关键工具或算法。

试卷答案

一、选择题

1.D

2.C

3.B

4.A

5.C

6.B

7.C

8.C

9.A

10.D

二、简答题

1.答案：典型流程包括：①获取原始基因表达数据（如通过芯片扫描或测序）；②数据预处理（质量控制，如过滤低质量读数/探针，去除批次效应）；③数据标准化（如对数转换、归一化）