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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
常用的短读长基因组比对工具是?
A.BWA
B.Salmon
C.GATK
D.FastQC
答案:A
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短读长序列比对工具,适用于基因组测序数据的比对;Salmon是RNA-seq表达定量工具;GATK主要用于变异检测;FastQC用于数据质量控制。
RNA-seq数据中“FPKM”的主要用途是?
A.衡量变异频率
B.评估测序深度
C.量化基因表达量
D.计算比对效率
答案:C
解析:FPKM(FragmentsPerKilobaseperMillionmappedreads)是标准化后的基因表达量单位,用于衡量基因在样本中的相对表达水平;变异频率由VCF文件统计,测序深度通过覆盖度计算,比对效率由比对软件输出。
人类参考基因组的核心数据库是?
A.NCBIRefSeq
B.STRING
C.PDB
D.GEO
答案:A
解析:NCBIRefSeq提供权威的人类参考基因组序列及注释;STRING是蛋白质互作数据库,PDB存储蛋白质三维结构,GEO是基因表达公共数据库。
用于检测单核苷酸多态性(SNP)的工具是?
A.Hisat2
B.GATK
C.Salmon
D.Bowtie2
答案:B
解析:GATK(GenomeAnalysisToolkit)是变异检测的核心工具,支持SNP和Indel的识别;Hisat2和Bowtie2是比对工具,Salmon是定量工具。
生信分析中,FastQC的主要功能是?
A.序列组装
B.质量控制
C.差异表达分析
D.功能富集
答案:B
解析:FastQC通过可视化报告展示测序数据的质量指标(如PHRED分数、GC含量分布),用于原始数据的质量评估;序列组装用SPAdes,差异表达用DESeq2,功能富集用ClusterProfiler。
存储测序原始数据的标准格式是?
A.BAM
B.FASTQ
C.GTF
D.VCF
答案:B
解析:FASTQ格式包含序列、质量分数等原始测序信息;BAM是压缩的比对结果,GTF是基因注释,VCF是变异信息。
表观遗传学研究中,检测DNA甲基化的技术是?
A.WGS
B.WGBS
C.RNA-seq
D.ChIP-seq
答案:B
解析:WGBS(全基因组甲基化测序)通过亚硫酸氢盐处理DNA,特异性检测甲基化位点;WGS是全基因组测序,RNA-seq是转录组,ChIP-seq是蛋白-DNA结合检测。
生信流程开发的常用工具是?
A.Nextflow
B.Python
C.R
D.Bash
答案:A
解析:Nextflow是专门用于生信流程开发的工作流管理工具,支持并行计算和跨平台运行;Python、R是编程语言,Bash是脚本语言。
蛋白质结构预测的常用数据库是?
A.UniProt
B.PDB
C.STRING
D.Ensembl
答案:B
解析:PDB(蛋白质数据库)存储已解析的蛋白质三维结构;UniProt是蛋白质序列数据库,STRING是互作数据库,Ensembl是基因组数据库。
差异表达分析中,DESeq2的核心功能是?
A.数据标准化
B.序列比对
C.基因组组装
D.变异注释
答案:A
解析:DESeq2通过负二项分布模型对RNA-seq数据进行标准化,并识别差异表达基因;序列比对用BWA,组装用SPAdes,注释用Annovar。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
RNA-seq数据分析的关键步骤包括?
A.质量控制(FastQC)
B.序列比对(Hisat2)
C.表达定量(Salmon)
D.差异表达分析(DESeq2)
答案:ABCD
解析:RNA-seq完整流程包括原始数据质控、比对到参考基因组、定量基因表达、统计差异表达基因,四选项均为核心步骤。
属于生物信息学数据库的有?
A.NCBIGenBank
B.Ensembl
C.UCSCGenomeBrowser
D.PubMed
答案:ABC
解析:GenBank(序列)、Ensembl(基因组注释)、UCSC(基因组浏览器)均为生信核心数据库;PubMed是文献数据库,不属于生信数据存储平台。
基因组变异类型包括?
A.SNP(单核苷酸多态)
B.Indel(插入缺失)
C.CNV(拷贝数变异)
D.STR(短串联重复)
答案:ABCD
解析:SNP(单碱基变异)、Indel(1-50bp插入/缺失)、CNV(大片段拷贝数变化)、STR(重复序列长度变异)均为常见基因组变异类型。
生信分析常用的统
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