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基于RAD测序技术构建猕猴桃种间高密度遗传图谱及果实性状QTLs精准定位研究

一、引言

1.1研究背景

猕猴桃（Actinidiaspp.）作为一种极具价值的水果，以其丰富的维生素C含量及多元营养物质，深受全球消费者的喜爱。在国际水果市场中，猕猴桃凭借独特的风味和卓越的营养价值，占据着重要地位，其种植与产业发展也在全球范围内迅速扩张。我国作为猕猴桃属植物的起源中心，拥有丰富的种质资源，约占全世界66种的93.7%，为猕猴桃的遗传研究与品种改良提供了得天独厚的条件。

猕猴桃属植物具有雌雄异株及丰富的倍性变异等特征，这使得其遗传基础极为复杂，基因重组频繁发生。在传统育种过程中，这些特性导致育种效率较低。如在杂交育种时，由于雌雄株间花期不遇，使得种间杂交困难重重，育种周期被大大延长，且结果往往具有不确定性。同时，猕猴桃作为多年生果树，童期长，在早期难以准确鉴别植株性别，大量不结果雄株不仅占用土地资源，还耗费大量人力、物力进行管理，给育种工作造成极大的资源浪费。此外，猕猴桃种植过程中，病虫害问题也严重影响着产量与品质，如在我国南部部分栽培区，近1/2的猕猴桃品系遭受虫害，部分主栽品种和高品质品种对病虫害的抵抗性仅为中抗水平。因此，对猕猴桃进行深入的遗传研究，开发与目标性状紧密连锁的标记，通过标记辅助选择（MAS）提高育种效率与准确性，成为猕猴桃遗传改良的关键。

遗传图谱是进行基因定位、克隆以及分子标记辅助育种的重要基础工具。高密度遗传图谱能够更精确地定位与果实性状相关的数量性状位点（QTLs），深入解析猕猴桃的基因组结构和性状形成机制。通过构建高密度遗传图谱，可以明确不同基因在染色体上的位置及相互关系，为后续基因功能研究和遗传改良提供有力支撑。这对于促进猕猴桃的遗传改良和育种进程，培育出适应不同环境、具有优良性状（如高产、优质、抗病等）的新品种，推动猕猴桃产业的可持续发展具有不可替代的作用。

1.2研究目的与意义

1.2.1目的

本研究旨在利用先进的分子标记技术和高通量测序手段，构建猕猴桃种间高密度遗传图谱。通过对猕猴桃种间杂交后代群体进行遗传分析，开发出大量的分子标记，并将其准确地定位到染色体上，构建出覆盖全基因组的高密度遗传图谱。同时，针对猕猴桃果实的重要性状，如果实大小、颜色、营养成分等，进行系统的数据收集和测定。运用统计学方法和QTL分析软件，定位与这些果实性状相关的QTLs，明确其在遗传图谱上的位置和遗传效应，为猕猴桃的分子标记辅助育种提供精准的目标区域和标记信息。

1.2.2意义

从理论层面来看，构建猕猴桃种间高密度遗传图谱并定位果实性状QTLs，有助于深入剖析猕猴桃的基因组结构和遗传规律。这将填补猕猴桃遗传研究领域在某些方面的空白，为进一步研究猕猴桃的生长发育、抗病性、营养物质代谢等生物学过程提供重要的理论依据。通过对QTLs的研究，可以揭示果实性状形成的分子机制，了解基因与环境之间的相互作用，丰富植物遗传学理论。

在实践应用方面，本研究成果对猕猴桃产业发展具有重要推动作用。通过精准定位果实性状QTLs，可以开发与之紧密连锁的分子标记，应用于分子标记辅助育种。这将大大提高猕猴桃育种的效率和准确性，缩短育种周期，降低育种成本，加快优良品种的选育进程。利用遗传图谱和QTL信息，能够在猕猴桃种质资源中精准筛选出具有优良性状的种质，为猕猴桃的品种改良和创新提供丰富的遗传材料。这有助于培育出更多适应不同生态环境、市场需求的猕猴桃新品种，提高猕猴桃的产量和品质，增强我国猕猴桃产业在国际市场上的竞争力，促进猕猴桃产业的可持续健康发展，带动相关地区经济增长和农民增收。

1.3国内外研究现状

1.3.1猕猴桃种间遗传图谱构建进展

早期猕猴桃遗传图谱构建主要依赖于限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性DNA（RAPD）等标记技术。这些技术在一定程度上推动了猕猴桃遗传图谱的初步构建，但由于其标记数量有限、多态性低、稳定性差等缺点，构建出的遗传图谱密度较低，覆盖度有限，无法满足深入研究的需求。

随着分子生物学技术的不断发展，简单序列重复（SSR）标记因其具有多态性高、共显性遗传、操作简便等优点，逐渐成为猕猴桃遗传图谱构建的常用标记。国内外众多研究团队利用SSR标记构建了不同猕猴桃种的遗传图谱，使图谱的密度和质量得到了显著提升。然而，SSR标记的开发需要较高的成本和技术要求，且数量仍然相对有限。

近年来，单核苷酸多态性（SNP）标记以其数量多、分布广、遗传稳定性高、易于自动化检测等优势，成为构建高密度遗传图谱的首选标记。中国农业科学院郑州果树研究所通过开发猕猴桃高密度SNP基因分型芯片，对四倍体软枣猕猴桃F1群体进行基因分型，成功构建了高密度整合遗传图谱，揭示了同源四倍体