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ProblemChosen2022TeamControlNumber
CShuWeiCup2022111213875
SummarySheet
Abstract
Background:Fortherecruitmentandmonitoringofsubjectsfortherapystudies,itisimportanttopredictwhether
mildcognitiveimpaired(MCI)subjectswillprospectivelydevelopAlzheimer’sdisease(AD).Machinelearning(ML)is
suitabletoimproveearlyADprediction.TheetiologyofADisheterogeneous,whichleadstohighvariabilityindisease
patterns.Furthervariabilityoriginatesfrommulticentricstudydesigns,varyingacquisitionprotocols,anderrorsinthe
preprocessingofmagneticresonanceimaging(MRI)scans.Thehighvariabilitymakesthedifferentiationbetween
signalandnoisedifficultandmayleadtooverfitting.Thisarticleexamineswhetheranautomaticandfairdata
valuationmethodbasedonShapleyvaluescanidentifythemostinformativesubjectstoimproveMLclassification.
Methods:AnMLworkflowwasdevelopedandtrainedforasubsetoftheAlzheimer’sDiseaseNeuroimaging
Initiative(ADNI)cohort.ThevalidationwasexecutedforanindependentADNItestsetandfortheAustralianImaging,
BiomarkerandLifestyleFlagshipStudyofAgeing(AIBL)cohort.TheworkflowincludedvolumetricMRIfeature
extraction,featureselection,sampleselectionusingDataShapley,randomforest(RF),andeXtremeGradientBoosting
(XGBoost)formodeltrainingaswellasKernelSHapleyAdditiveexPlanations(SHAP)valuesformodelinterpretation.
Results:TheRFmodels,whichexcluded134ofthe467trainingsubjectsbasedontheirRFDataShapleyvalues,
outperformedthebasemodelsthatreachedameanaccuracyof62.64%by5.76%(3.61percentagepoints)forthe
independentADNItestset.TheXGBoostbasemodelsreachedameanaccuracyof60.00%f
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