2025年大学《整合科学》专业题库—— 生物信息学在水资源管理中的应用.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——生物信息学在水资源管理中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述生物信息学在水资源管理中应用的主要领域，并列举至少三个相关的具体实例。

二、

水生生物的环境DNA（eDNA）可以被检测并用于物种监测。请描述从水样中提取eDNA并鉴定其中的物种信息的简要流程，包括关键步骤和可能使用的生物信息学工具或分析方法。

三、

在利用基因测序数据研究水体富营养化问题时，数据量通常非常庞大。请列举至少三种生物信息学技术在处理和分析这类大规模测序数据中的应用，并简述其作用。

四、

假设你正在研究某河流流域内一种关键水生昆虫的种群遗传结构，以评估其受水体污染和栖息地变化的影响。你会选择哪些类型的基因组或基因标记数据？请说明选择理由，并描述利用生物信息学方法分析这些数据以推断种群遗传结构的可能途径。

五、

生物信息学模型在模拟水生生物对水资源变化的响应方面具有潜力。请讨论在构建和应用这类模型时可能遇到的主要挑战，并说明如何提高模型的可信度和实用性。

六、

整合遥感影像数据与生物信息学分析（如物种分布建模）是监测大范围水域生态系统变化的一种方法。请设想一个具体的应用场景（例如，监测红树林生态系统健康状况或大型水华爆发），说明如何结合这两种技术，并阐述其优势。

试卷答案

一、

生物信息学在水资源管理中应用的主要领域包括：水质评估与监测（通过分析微生物、藻类等生物标记物）、水生生物多样性监测与生态评估（通过基因组、宏基因组、环境DNA分析）、入侵物种检测、生态系统功能评估与恢复、水产养殖优化等。具体实例：1）利用宏基因组学分析水体微生物群落结构变化以评估污染程度；2）通过环境DNA技术监测河流中的濒危鱼类分布；3）分析特定水生植物基因组以研究其对盐碱水体的适应性，为湿地恢复提供指导。

二、

从水样中提取eDNA并鉴定物种信息的简要流程：1）水样采集与处理：收集水体样本，通过过滤去除杂质，获得包含eDNA的水过滤物；2）eDNA提取：使用商业试剂盒或化学方法从过滤物中提取总DNA；3）质量控制：评估eDNA的浓度和purity；4）PCR扩增：针对目标物种设计特异性引物，扩增目标DNA片段；5）高通量测序：将扩增产物进行测序，产生大量序列读长；6）生物信息学分析：a)序列质量过滤与修剪；b)参考基因组比对或去嵌合；c)物种鉴定：利用数据库比对（如Barcodesdatabase）或机器学习模型识别物种身份；d)数据统计分析：统计物种丰度、遗传多样性等指标。

三、

处理和分析大规模测序数据的生物信息学技术及其应用：1）序列质量控制（QC）工具（如FastP,Trimmomatic）：用于去除低质量读长和去除接头序列，保证后续分析准确性；作用是提高数据质量和分析效率。2）序列比对工具（如BWA,Bowtie2）：将测序读长高效比对到参考基因组或转录组，是下游分析的基础。作用是定位基因和变异。3）denovo组装工具（如SPAdes,MEGAHIT）：当缺乏参考基因组时，用于从头组装环境样本的混合基因组。作用是构建未知生物的基因组草图。4）生物信息学数据库（如NCBISRA,GenBank）：用于存储、共享和检索大规模测序数据。作用是提供数据资源和比对参考。

四、

研究水生昆虫种群遗传结构，选择基因组或基因标记数据：会选择中到高密度的基因组SNP数据或微卫星标记（SSR）。选择理由：SNP数据覆盖基因组广泛，能提供丰富的遗传变异信息，适用于群体结构和历史变迁分析；SSR标记多态性高，重复性好，是经典且高效的群体遗传学标记。利用生物信息学方法分析途径：1）数据预处理：质量控制、去重、SNP/SRR位点筛选；2）基因组组装（若使用全基因组数据）；3）变异检测：识别基因组中的SNP、InDel等变异位点；4）种群遗传结构分析：使用ADMIXTURE,Structure,fastSTRUCTURE等软件进行主成分分析（PCA）或聚类分析，评估个体间遗传相似性，揭示种群分层和结构；5）群体遗传参数估计：使用Arlequin,Genetix等软件计算遗传多样性指数（如He,Ho），群体分化指数（如Fst），进行群体历史分析（如Bayesianskylineplot）。

五、

构建和应用生物信息学模型的主要挑战及提高可信度方法：挑战：1）数据质量与覆盖度：环境数据（如eDNA）浓度低、宿主特异性难把握，测序错误可能影响结果。提高方法：优化采样和处理方法，提高eDNA提取效率，使用更精准的算法进行错误校正和宿主识别。2）模型假设的局限性：许多模型基于理想化假设（如中性进化），可能与实际情况不符。提高方法：在模型中纳入选择压力、环境因素等非中