《第三代纳米孔宏基因组选择性测序病原体快速检测方法》征求意见稿.pdf

第三代纳米孔宏基因组选择性测序病原体快速检测方法

1范围

本文件描述了使用第三代纳米孔技术进行宏基因组选择性测序快速富集、检测目标病原体（细菌）

的检测方法，包括方法原理、检测模块分区等内容。

本文件适用于医疗机构、疾病预防控制机构、科研机构等使用第三代纳米孔测序技术进行病原体检

测及院感防控中疑似暴发事件的快速病原筛查。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，标注日期的引用文件，

仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文

件。

GB19489—2008实验室生物安全通用要求

GB/T35890—2018高通量测序数据序列格式规范

T/SZAS92-2024基于高通量测序技术的污水来源新型冠状病毒变异监测通用技术要求

T/SZGIA1.2-2018基于高通量测序的环境微生物检测第2部分：人粪便微生物宏基因组检测

方法

T/SZGIA1.4-2017基于高通量测序的环境微生物检测第4部分：临床样本病原微生物检测

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

3.1

病原体pathogen

能够引起人类疾病的微生物，包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等。

3.2

高分子量微生物DNA

从微生物细胞中提取的、具有较大物理片段长度的基因组DNA，其本质为保持天然长片段完整性的

遗传物质，适用于长读长测序、单分子基因组学分析等高精度下游应用。

3.3

宏基因组metagenomicDNA

直接从环境或宿主相关样本中获取的、未经培养的微生物群落全部遗传物质的总和。

3.4

第三代纳米孔测序技术third-generationNanoporesequencingtechnology

通过测量DNA或RNA分子穿过纳米尺寸生物蛋白孔道时引起的特征性电流变化，实现核酸序列的实

时解析的，基于单分子实时电信号检测的第三代测序技术。

3.5

宏基因组选择性测序metagenomicselectivesequencing

4

T/CRHAXXX—202X

基于实时数据动态比对和靶向富集策略的测序技术，旨在从复杂群落中去除非目标基因组或富集目

标基因组，优先获取特定微生物（如病原体、功能基因携带者或低丰度物种）的基因组信息，以提升目

标序列的覆盖深度与检测灵敏度。

3.6

测序文库sequencinglibrary

将待测序的核酸样本经过一系列处理后，制备成适合测序平台使用的标准化片段集合。通常包含：

接头和/或用于测序引物结合的特定序列、序列捕获和/或识别特定区域的标识。

[来源：T/SZAS92-2024，3.9，有修改]

3.7

测序序列sequencingreads

通过测序技术生成的单条核酸片段序列数据单元，其本质为测序仪对文库中单个DNA/RNA分子或其

扩增产物进行碱基识别后输出的原始信号转换结果。

[来源：GB/T35890—2018，3.2，有修改]

3.8

测序序列标签barcode

通过化学连接嵌入文库制备的接头序列末端，在多重样本混合测序过程中实现数据来源区分与后续

拆分，经合成设计、用于样本特异性标识的短寡核苷酸序列（长度通常为8bp～24bp）。

3.9

FASTQ

用于存储原始reads的碱基序列及其对应的质量评分信息，基于测序技术生成的标准化文本格式文

件。

3.10

碱基识别质量qualityofbasecalling

衡量碱基正确识别的概率。

注：通常以数值直接表示，按公式（1）计算。

Q−10×lg…………………（1）

式中：

Q——碱基识别质量；

P——碱基识别错误率，即单次测序错误碱基占碱基总数的比例，与碱基识别正确率相对。

[来源：T/SZGIA1.2-2018，3.3，有修改]

3.11

Q30

测序总数据中，碱基识别质量值大于30的碱基占所有碱基的比例。

示例：碱基识别质量值为30，表示该碱基的准确率为99