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融合空间转录组的药物作用区域定位研究1

融合空间转录组的药物作用区域定位研究

摘要

本研究旨在开发一种基于空间转录组学技术的药物作用区域定位新方法，通过整合

多模态生物信息学分析手段，实现药物在组织内作用位点的精准识别与可视化。研究将

结合高通量测序技术、空间转录组芯片技术和先进生物信息学算法，构建药物组织相互

作用的三维空间图谱。项目预期将建立一套标准化的药物作用区域定位分析流程，为精

准药物研发提供关键技术支撑。通过本研究的实施，有望显著提高药物靶点验证效率，

降低新药研发成本，并为个体化用药提供科学依据。研究计划为期36个月，总预算约

1500万元，预计将产生5项核心技术专利和10篇高水平学术论文。

引言与背景

1.1研究背景与意义

随着精准医疗时代的到来，药物研发正从传统的”一刀切”模式向个体化、精准化方

向转变。据国际制药协会报告显示，2022年全球精准医疗市场规模已达1.2万亿美元，

年增长率保持在15%以上。然而，传统药物研发中约60%的候选药物因缺乏明确的组

织分布和作用位点信息而失败，导致研发成本居高不下。空间转录组学作为新兴的单细

胞测序技术，能够在保留组织空间位置信息的同时，获得基因表达谱数据，为药物作用

区域定位提供了前所未有的技术可能。

我国《“十四五”生物经济发展规划》明确提出要”发展精准医学技术，推动药物研发

创新”，本研究的开展完全契合国家战略需求。通过建立药物作用区域定位的新方法体

系，将有助于解决当前药物研发中的关键瓶颈问题，提升我国在新药研发领域的核心竞

争力。

1.2国内外研究现状

国际上，美国斯坦福大学团队于2021年首次将空间转录组技术应用于药物分布研

究，在Nature发表论文证实了该技术的可行性。欧洲药监局(EMA)已将空间转录组

分析纳入部分新药审评的推荐技术。国内方面，中科院上海药物研究所开发了基于空间

转录组的药物靶点识别算法，但尚未形成系统化的药物作用区域定位解决方案。

目前存在的主要技术瓶颈包括：空间分辨率不足（现有技术通常为55100m）、多组

学数据整合困难、三维重建算法不成熟等。本研究将针对这些关键问题开展技术攻关，

有望实现突破性进展。

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1.3研究目标与内容

本研究的主要目标是建立一套完整的药物作用区域定位技术体系，具体包括：1）开

发高分辨率空间转录组检测平台；2）构建药物响应基因空间表达数据库；3）开发多模

态数据整合算法；4）建立三维可视化分析系统。研究内容涵盖技术开发、方法验证和

应用示范三个层面，最终实现从组织切片到三维空间、从基因表达到药物效应的全链条

分析能力。

研究概述

2.1研究范畴界定

本研究聚焦于药物在组织内的空间分布特征及其与基因表达谱的关联性分析。研

究对象包括小分子药物、生物制剂和核酸药物等主要药物类型。研究范围限定于动物模

型和临床样本的离体组织分析，不涉及活体实时监测。技术层面将整合空间转录组学、

蛋白质组学、代谢组学等多组学数据，但以空间转录组为核心技术手段。

2.2关键科学问题

研究将重点解决三个关键科学问题：1）如何提高空间转录组检测的分辨率以实现

单细胞水平的药物作用定位；2）如何建立药物浓度与基因表达变化的定量关系模型；3）

如何整合多维度数据构建药物作用的三维空间图谱。这些问题的解决将为精准药物研

发提供理论基础和技术支撑。

2.3技术创新点

本研究的主要创新点包括：1）首创基于纳米孔阵列的高分辨率空间转录组芯片，将

空间分辨率提升至5m；2）开发深度学习驱动的多模态数据融合算法，实现药物基因

表型的关联分析；3）建立全球首个药物作用空间图谱数据库，包含10种以上常见药物

的组织分布数据。这些创新将显著推动该领域的技术进步。

政策与行业环境分析

3.1国家政策支持

《“健康中国2030”规划纲要》明确提出要”加强药物创新体系建设”，国家发改委将空

间组学技术列为”十四五”期间重点支持的生物技术方向。科技部在2022年发布的”精准

医学重点专项”中，专门设立了”药物精准递送与作用机制研究”课题，与本研究方向高

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