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联合多品系大白猪全基因组解析总乳头数遗传机制与评估

一、引言

1.1研究背景与问题提出

在现代养猪业中，繁殖性能是衡量猪种优劣的关键指标之一，而总乳头数作为母猪繁殖性能的重要组成部分，直接影响着仔猪的哺育和生长发育。随着养猪技术和猪育种的不断发展，母猪的产仔数量逐年提高，但母猪的乳头数却相对固定，这就导致了母猪的有效乳头数不能满足哺乳需要的现象日益突出。哺乳仔猪有固定乳头的生理特点，如果有效乳头数不足，会使仔猪营养缺乏，甚至出现争抢乳头的现象，从而影响仔猪的成活率和生长性能。因此，通过育种提高母猪乳头数对于提升养猪业的经济效益和生产效率具有至关重要的意义。

大白猪作为世界上分布最广泛的猪种之一，具有生长速度快、瘦肉率高、繁殖性能较好等优点，是我国引进的优良瘦肉型猪种。然而，我国引进的大白猪虽然繁殖力强，平均窝产仔数可达14头以上，但躯干普遍不长，平均乳头数多在七对以下，难以满足现代养猪业对母猪繁殖性能的需求。因此，深入研究大白猪总乳头数的遗传机制，挖掘与之相关的遗传标记和基因，对于提高大白猪的繁殖性能具有重要的理论和实践意义。

在遗传评估方法不断发展的背景下，全基因组选择（GenomicSelection，GS）已成为动物遗传改良的重要手段。该技术通过对覆盖全基因组的大量单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism，SNP）标记进行检测，结合表型数据和系谱信息，实现对个体基因组育种值（GenomicEstimatedBreedingValue，GEBV）的估计，从而更准确地选择优良种猪。在实际应用中，参考群规模是影响GS进行全基因组遗传评估的重要因素。通常，GS在遗传背景相近的群体中实施，然而在实际生产中，具有相近遗传背景群体的规模往往较小，这限制了基因组育种值估计的准确性和可靠性。因此，探索通过合并不同品系的大白猪来扩大参考群规模，进而提高总乳头数GEBV估计准确性的可行性及策略，成为当前猪育种领域亟待解决的问题。

1.2国内外研究现状

在国外，对猪乳头数性状的研究开展较早，且在遗传评估和基因定位方面取得了一定的成果。通过传统的数量遗传学方法，研究者们对不同猪种乳头数的遗传力进行了估计，结果表明乳头数属于中等遗传力性状。近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，全基因组关联分析（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）等方法被广泛应用于猪乳头数性状的研究中。利用GWAS技术，国外学者在多个染色体上检测到了与乳头数显著相关的SNP位点，并鉴定出了一些候选基因，如GABRG2、GABRA1、PRDM6等，这些基因在乳腺发育和乳头形成过程中可能发挥着重要作用。

在国内，猪乳头数性状的研究也受到了广泛关注。学者们通过对国内多个地方猪种和引进猪种的研究，分析了乳头数与繁殖性状之间的关系，发现乳头数与产仔数、活仔数等繁殖性状存在一定的相关性，可作为产仔数的辅选性状。在遗传参数估计方面，国内研究结果与国外报道基本一致，认为乳头数的遗传力处于中等水平。在全基因组研究方面，国内学者利用GWAS技术对大白猪、长白猪等猪种的乳头数性状进行了分析，筛选出了一些与乳头数相关的SNP标记和候选基因。然而，目前国内的研究主要集中在单一品系的大白猪上，对于联合不同品系大白猪进行总乳头数全基因组遗传评估的研究还相对较少，这限制了对乳头数遗传机制的全面理解和遗传改良效果的进一步提升。

1.3研究目的与意义

本研究旨在通过联合不同品系的大白猪，对总乳头数进行全基因组遗传评估，深入解析总乳头数的遗传机制，挖掘与之相关的遗传标记和候选基因。具体而言，本研究将利用全基因组关联分析方法，筛选出与总乳头数显著相关的SNP位点，并对这些位点进行功能注释，以确定其所在的基因及可能参与的生物学过程。同时，本研究还将建立基因组预测模型，评估不同模型对总乳头数GEBV的预测准确性，为大白猪的分子育种提供理论依据和技术支持。

本研究的意义在于，一方面，通过联合不同品系的大白猪进行全基因组遗传评估，可以扩大参考群规模，提高GEBV估计的准确性，从而更有效地选择具有高乳头数的种猪，加快大白猪繁殖性能的遗传改良进程。另一方面，本研究筛选出的与总乳头数相关的遗传标记和候选基因，不仅有助于深入理解乳头数的遗传调控机制，还可为猪的分子标记辅助选择和基因组选择提供重要的靶点，推动猪育种技术的创新和发展。此外，本研究的成果对于提高我国养猪业的生产效率和经济效益，保障猪肉市场的稳定供应具有重要的现实意义。

二、材料与方法

2.1实验材料

2.1.1不同品系大白猪选择

本研究选用了丹系、美系、法系三个品系的大白猪作为实验材料，这些品系的大白猪在繁殖性能、生长性能等方面具有一定的差异，