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基于二代测序技术挖掘秦川牛剩余采食量相关RNA分子的研究

一、引言

1.1研究背景与意义

肉牛养殖业在我国畜牧业中占据重要地位，然而，近年来肉牛养殖面临着严峻的成本挑战。饲料成本在肉牛养殖总成本中占比高达60%-80%，成为制约养殖效益的关键因素。据相关数据显示，2024年我国肉牛养殖行业因饲料成本过高以及牛肉价格波动，部分养殖户出现亏损情况。在此背景下，提高肉牛的饲料利用效率，降低养殖成本，成为肉牛产业可持续发展的关键。

剩余采食量（ResidualFeedIntake，RFI）作为衡量畜禽饲料利用效率的重要指标，近年来受到广泛关注。RFI指畜禽在理想的生理状态和饲养环境中实际的采食量与被预测用来维持正常生长发育所需的最低采食量的差值，RFI值越低，表明畜禽在维持相同生产性能的情况下，消耗的饲料越少，饲料利用效率越高。通过对RFI的研究，可以筛选出饲料利用效率高的肉牛个体或群体，为肉牛的遗传选育提供重要依据，从而有效降低养殖成本，提高养殖效益。

二代测序技术，又称高通量测序技术，具有高通量、高准确度、低成本等优势，一次可对几十万至几百万条DNA分子同时进行快速测序分析。在畜禽遗传育种研究中，二代测序技术已成为挖掘功能基因、揭示分子调控机制的重要工具。利用二代测序技术，可以全面、深入地研究肉牛RFI相关的RNA分子，包括mRNA、miRNA等，为解析RFI的遗传调控机制提供有力支持。

本研究以秦川牛为对象，运用二代测序技术挖掘与RFI相关的RNA分子，旨在揭示秦川牛RFI的分子遗传机制，为秦川牛的高效选育提供理论依据和分子标记，对于降低肉牛养殖成本、提高养殖效益具有重要的现实意义。

1.2国内外研究现状

1.2.1剩余采食量的研究进展

RFI的概念：剩余采食量（RFI）的概念最早由Koch等在1963年提出，用于评定肉牛的饲料转化率。经过多年发展，RFI已被广泛应用于猪、鸡、鸭等多种畜禽的饲料效率研究中。RFI的计算通常基于实际采食量与预期采食量的差值，预期采食量则通过畜禽的体重、日增重、代谢体重等指标建立模型进行预测。

RFI的生理基础：RFI的生理机制较为复杂，涉及畜禽的采食行为、消化吸收、能量代谢等多个生理过程。研究表明，RFI与畜禽的采食时间、采食频率、咀嚼次数等采食行为密切相关。低RFI的肉牛往往具有更高效的采食模式，能够在较短时间内摄取足够的营养物质。消化率也是影响RFI的重要因素，低RFI的畜禽通常对饲料的消化吸收能力更强，能够更充分地利用饲料中的营养成分。在能量代谢方面，低RFI的畜禽可能具有更优化的能量分配机制，将更多的能量用于生长和生产，而减少能量在维持代谢等方面的消耗。

RFI的遗传力与遗传相关：大量研究表明，RFI具有中等遗传力，一般在0.2-0.4之间，这意味着通过遗传选育可以有效地改良畜禽的RFI性状。RFI与其他生长性能和繁殖性能等性状之间存在一定的遗传相关性。例如，RFI与日增重呈负相关，与采食量呈正相关，这表明在选育低RFI的畜禽时，需要综合考虑其生长性能和采食量等因素，以避免对其他重要性状产生不利影响。

牛RFI相关基因和miRNA的研究进展：随着分子生物学技术的不断发展，越来越多的研究致力于挖掘与牛RFI相关的基因和miRNA。通过全基因组关联分析（GWAS）、转录组测序（RNA-seq）等技术，研究人员已鉴定出多个与牛RFI相关的候选基因，如GHRL、LEPR、MC4R等，这些基因主要参与能量代谢、食欲调节、脂肪沉积等生物学过程。在miRNA方面，一些研究发现miR-143、miR-199a等miRNA在高、低RFI牛群体中存在差异表达，推测它们可能通过调控靶基因的表达参与RFI的调控。然而，目前对于牛RFI相关基因和miRNA的研究仍处于初步阶段，许多分子调控机制尚未完全明确，有待进一步深入探究。

1.2.2二代测序技术在动物基因研究中的应用

二代测序技术在动物基因研究领域得到了广泛应用，为深入了解动物的遗传信息和分子调控机制提供了强大的技术支持。

基因表达谱分析：通过RNA-seq技术，可以全面、准确地测定动物在不同组织、不同发育阶段或不同环境条件下的基因表达水平，绘制基因表达谱。在小鼠的研究中，利用RNA-seq技术分析高脂饮食组和正常饮食组的转录组，发现了大量与脂质代谢、炎症反应等相关的差异表达基因，为揭示高脂饮食对小鼠生理影响的分子机制提供了重要线索。在猪的育种研究中，通过RNA-seq分析不同生长速度猪的肌肉组织基因表达谱，筛选出了一系列与生长性能相关的关键基因，为猪的遗