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基于小环DNA的核酸自组装技术：原理、应用与展望

一、引言

1.1研究背景与意义

在纳米科技与生物医学领域，小环DNA核酸自组装技术正逐渐崭露头角，成为备受瞩目的研究方向。核酸自组装是指核酸分子片段和片段之间、分子与分子之间通过非共价键作用相互识别排列，形成具有特定序列大分子的过程。这一过程依赖于大量非共价键的弱相互作用力，如次级键、疏水作用等，这些作用力的协同作用是保持组装体系结构完整性和稳定性的关键。

小环DNA通常由几十到两百个碱基左右组成，在生命体系中扮演着极为重要的角色。它是基因重组、交换、表达等生物功能的关键中间体之一，对生命活动的正常进行起着不可或缺的作用。同时，小环DNA也是理想的几何拓扑学研究对象，科学家们已从理论和实验上对其特有的扭曲、弯曲、扭结、刚性和离解等力学性能展开深入研究。

基于小环DNA的核酸自组装技术具有独特的优势，在纳米科技领域展现出巨大的应用潜力。在纳米材料制备方面，通过精准控制小环DNA的自组装过程，能够构建出具有特定形状和尺寸的纳米结构，如纳米管、纳米笼等。这些纳米结构可作为纳米器件的基础构建模块，为制造高性能的纳米电子器件、传感器等提供了新的途径。例如，利用小环DNA构建的纳米管，管径均一且可控，可作为一维结构的组装模板，用于构建纳米导线，有望提高纳米电路的性能和稳定性。

在生物医学领域，小环DNA核酸自组装技术的应用前景同样广阔。在药物传输方面，自组装形成的纳米结构可作为药物载体，实现药物的精准递送。其独特的结构和性质能够提高药物的稳定性，增强药物对病变部位的靶向性，减少药物在非目标组织的分布，从而降低药物的毒副作用。在基因治疗中，小环DNA可作为基因载体，将治疗基因精准递送至靶细胞，实现基因的上调或下调，为治疗遗传病、癌症等疑难病症提供了新的策略。利用小环DNA自组装构建的纳米结构还可用于疾病的早期诊断，通过与生物标志物的特异性结合，实现对疾病的高灵敏度、高特异性检测。

1.2国内外研究现状

国内外科研人员在小环DNA核酸自组装技术方面已取得了一系列丰硕的研究成果。在国外，牛津大学的科学家首次提出利用DNA自组装实现纳米笼的构建，这种纳米笼能够进入活细胞内部并生存，为药物运载提供了新的有效方法。他们的研究证明，由4条人工合成DNA短链构成的纳米笼，能在蛋白质分子周围绕其组装，形成包裹蛋白质的结构，并可通过程序设计在细胞内特定“触发”点打开，释放所运载的药物。

在国内，南京大学化学化工学院、配位化学国家重点实验室的肖守军教授课题组取得了重要突破。该课题组采用小环DNA（64和96个碱基的小环）作为新模块，分别使用3-6条短的直链DNA作为铰链，跨越两至三个DNA小环，成功实现了横向DNA双链环的平行组装，构建出纳米管。与传统的径向DNA双链构成的纳米管相比，环状DNA构成的纳米管具有管径均一且可控、管壁封闭性好、DNA小环本身不易被酶降解等显著优势。此前，他们还报道了光控嵌入偶氮苯人造DNA机器、具有重复单元的滚环扩增DNA长单链的折纸技术以及滚环转录RNA长单链的折纸技术，这些研究极大地降低了DNA或RNA纳米结构的应用成本。

然而，现有研究仍存在一些不足之处。在自组装机制方面，虽然已经了解核酸自组装的基本原理，但对于小环DNA在自组装过程中的具体作用机制，以及各种非共价相互作用力的协同调控机制，仍有待进一步深入研究。在纳米结构的稳定性和功能性方面，如何提高自组装形成的纳米结构在复杂生物环境中的稳定性，以及如何进一步拓展其功能，实现更多样化的应用，如同时实现药物递送和疾病诊断等多重功能，也是当前面临的挑战。在大规模制备方面，目前的制备技术还难以满足工业化生产的需求，如何开发高效、低成本的制备方法，实现小环DNA核酸自组装纳米结构的大规模生产，也是亟待解决的问题。

1.3研究内容与方法

本论文将围绕小环DNA核酸自组装技术展开深入研究，具体内容包括以下几个方面：

小环DNA结构特点：对小环DNA的序列组成、碱基配对方式、空间构象以及其特有的扭曲、弯曲、扭结、刚性和离解等力学性能进行全面分析，深入探究小环DNA的结构特点与自组装性能之间的内在联系。

自组装原理：详细研究小环DNA核酸自组装的过程，包括分子间的识别、排列以及非共价键的形成等。深入剖析自组装过程中的关键因素，如小环DNA的浓度、温度、离子强度等对自组装的影响，揭示小环DNA核酸自组装的内在原理和规律。

纳米结构构建与表征：基于对小环DNA结构特点和自组装原理的研究，探索利用小环DNA构建不同纳米结构的方法，如纳米管、纳米笼、纳米线等。运用多种先进的表