细胞衰老中染色质结构重塑机制研究.pdfVIP

GlobalReorganizationoftheNuclearLandscapeinSenescentCells

衰老细胞的细胞核空间结构

TamirChandra,PhilipAndrewEwels,WolfReik等

2015.02

文章简介：

细胞的衰老常常伴随大规模的染色质重排，形成衰老相关异染色质灶点（SAHF）。然而，

在SAHF形成过程中，染色质是如何重组的仍不清楚，而且衰老细胞中的异染色质形成与早

衰症中的异染色质似乎正好相反。本文利用Hi-C技术定位细胞衰老过程中的

组结构变化。出乎意料的是，研究者发现异染色质中存在序列依赖的或核纤层依赖的局部相

互作用的，该局部连接的变化解释了衰老和早衰症中异染色质变化相反的悖论。另外，

研究还发现早衰细胞和衰老细胞局部的互作变化类似，然而，早衰细胞没有衰老细胞中特有

的异染色质区域的空间，这暗示SAHF的形成需要一个独特的第二步骤。与胚胎干细胞、

体细胞相比，衰老细胞中的局部染色质连接发生单方向，表明衰老是细胞分化过程中连

续细胞核重塑进程的终点。

文章单位：EpigeneticsProgramme,TheBabrahamInstitute,CambridgeCB223AT,UK

影响因子：8.358

文章主要内容

1.材料和方法

1.1材料选取：

为了研究诱发的衰老，该研究采用WI-38hTERT/GFP-RAF1-ER细胞。在5%O2

环境下用10%的牛培养细胞。利用GFP-RAF1-ER激酶（含有4-羟三苯氧胺，4-OH

tamoxifen）处理WI-38hTERT/GFP-RAF1-ER细胞48小时后获得衰老细胞。

1.2构建：HindIII酶切。

图1建库流程

1.3平台及策略：本研究采用Illumina平台的PE，具体仪及读长没有描述。

1.4数据产出：生长细胞和衰老细胞两个，总数据量：228millionreads。早衰细胞的Hi-C

数据来自文献。

1.5数据分析流程：

图2Hi-C信息分析流程（HiCUP）

2.研究结果

1）利用Hi-C发现衰老细胞相互作用导致结构的变化。通过开放

染色质指数（OCI），研究远端互作和局部互作的差异（图3）。

图3衰老细胞与生长细胞相互作用的差异分析

A.粉色的TAD（拓扑结构域）线表示衰老细胞中互作的。B.粉色TAD的放大图。底部，

化的reads数。

2）早衰细胞染色质相互作用的改变与衰老细胞高度相似，但早衰细胞没有结构异染色

质的空间。研究发现衰老期特有的结构异染色质的空间，该结果表明：SAHF

的形成需要一个独特的第二步。

3）SAHF形成和早衰的模型比较

图4SAHF形成和早衰的模型比较