NCBI基本功能与引物设计.pptVIP

NCBI基本功能与引物设计演示文稿第1页，共37页。

NCBI基本功能与引物设计第2页，共37页。

为何要接触NCBI？如何使用NCBI？如何设计引物？第3页，共37页。

NCBI简介NCBI：NationalCenterforBiotechnologyInformation美国国家信息技术中心（/）1992年10月，NCBI承担起对GenBankDNA序列数据库的责任。NCBI工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库.Genebank是遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近，GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。第4页，共37页。

Subtitle第5页，共37页。

NCBI常用功能查找核酸/氨基酸序列序列相似性分析引物验证第6页，共37页。

一、查找核酸、氨基酸序列1.以鸡FAT/CD36为例，search：2.调整右侧检索目录，tree--list：第7页，共37页。

3.浏览信息，下载序列，并以Genebank、FASTA格式保存点击Genebank:第8页，共37页。

氨基酸序列：Genebank核酸序列：……FASTA格式的核酸序列：……第9页，共37页。

二、序列相似性分析序列相似性分析：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有DNAMAN、CLUSTAL等第10页，共37页。

Blast简介BLAST：“局部相似性基本查询工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的缩写，是由NCBI开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。程序名查询序列数据库搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列Blastx核酸蛋白质核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白质核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。主要的Blast程序：第11页，共37页。

Blast序列相似性分析1.修改测序结果，剔除克隆载体序列在测序结果中找到上下游引物对应位置，剔除引物外的多余部分以鸽子的I-FABP片段为例：GCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACGATTAGGAAGTTAGGAGCCCACGATAATCTGAAGATCACTATTCAACAAGATGGAAACAAATTTACGGTCAAAGAATCAAGCAACTTCCGTACTATAGATATTGAATTCACTCTGGGAGTCAATTTTGACTACAGTCTCGCTGACGGAACGGAAATCTCTAGAGGATCCCCGGGTACCGAGCTCGAATTCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGT……上游引物：5‘-AGRAARYTDGSAGCYCAC-3’下游引物：5‘-TCHGTYCCRTCWGCBAGA-3‘TAGGAAGTTAGGAGCCCACGATAATCTGAAGATCACTATTCAACAAGATGGAAACAAATTTACGGTCAAAGAATCAAGCAACTTCCGTACTATAGATATTGA