应用ABEEMσπMM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象总能量的研究.docxVIP

应用ABEEMσπMM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量

一、ABEEMσπMM方法原理概述

ABEEMσπMM（Atomic-BondElectronegativityEqualizationσπMolecularMechanics）方法是将原子-键电负性均衡原理（ABEEM）与σπ分离思想相结合的分子力学方法。该方法在处理分子体系时，不仅考虑原子的电负性，还将化学键分为σ键和π键分别进行处理，能更精准地描述分子内的电子分布和相互作用。其核心在于通过电负性均衡原理计算分子中各原子和化学键的电荷分布，再结合分子力学中的力场参数，实现对分子总能量的计算，为研究小分子肽及二肽分子不同构象的能量差异提供了可靠的理论基础。

二、计算体系与参数设置

（一）计算体系选择

选取典型的小分子肽（如三肽Gly-Gly-Gly）和二肽（如Gly-Ala、Ala-Gly）作为研究对象。这些分子结构相对简单，且包含肽键等小分子肽类分子的关键结构单元，其不同构象（主要通过改变肽键两侧的二面角φ和ψ实现）具有代表性，能有效反映小分子肽及二肽分子构象变化的规律。

（二）参数设置

力场参数：采用ABEEMσπMM方法专用的力场参数，其中包括键长、键角、二面角的力常数以及非键相互作用（范德华力和静电力）的参数。这些参数通过大量实验数据和量子化学计算结果拟合得到