基于红系终末期单细胞表达谱构建珠蛋白基因共表达网络：方法、验证与应用.docxVIP

基于红系终末期单细胞表达谱构建珠蛋白基因共表达网络：方法、验证与应用

一、引言

1.1研究背景与意义

珠蛋白基因作为血红蛋白的重要编码基因，其正常表达对于红细胞的功能维持和人体的氧气运输至关重要。血红蛋白由α和β两个珠蛋白基因家族组成，在红细胞分化和发育过程中，各珠蛋白基因按照严格的时空顺序依次表达。α-珠蛋白基因簇位于16号染色体（16p13.3），包含3个同源功能基因和4个假基因，其中ζ-珠蛋白在胚胎期表达，α2和α1-珠蛋白基因在胎儿和成年期表达；人类β-珠蛋白基因簇位于11号染色体（11p15.5），由5个高度同源的功能基因和1个假基因组成，ε-珠蛋白基因在胚胎期表达，Gγ-和Aγ-珠蛋白基因在胎儿期表达，δ-和β-珠蛋白基因在成年期表达。这种发育时期特异性表达一旦出现异常，便会导致诸如地中海贫血、镰刀型贫血等严重遗传性血液系统疾病。地中海贫血是临床常见且危害较大的遗传性疾病，在我国南方各省人群发生率高达10%以上，广东、广西等地甚至高达15%-20%，重型地贫胎儿常于怀孕晚期死于宫内或出生后数分钟内死亡，给家庭和社会带来沉重负担。因此，深入研究珠蛋白基因表达的调控机制，对于理解血液疾病的发病机理以及开发有效的治疗策略具有不可或缺的重要性。

传统的基因表达研究多基于细胞群体，然而细胞群体的平均数据会掩盖细胞间的异质性，无法精准揭示单个细胞内基因表达的真实情况。近年来，单细胞表达谱技术的兴起为基因表达研究开辟了全新的视角。该技术能够在单个细胞水平上对基因表达进行精确测量，从而清晰地展现细胞间基因表达的差异。通过单细胞表达谱分析，可以识别出不同细胞亚群中独特的基因表达模式，这对于深入探究红细胞发育过程中各阶段细胞的分子特征具有重要意义。在红细胞发育过程中，从髓系多能干细胞分化为红系定向祖细胞，再到原红细胞、网织红细胞直至成熟红细胞，每个阶段的细胞在基因表达上都存在微妙而关键的变化，单细胞表达谱技术能够捕捉到这些变化，为解析红细胞发育的分子机制提供关键信息。此外，在构建基因共表达网络方面，单细胞表达谱数据能够提供更为准确和细致的基因间相互作用关系。传统的基因共表达网络构建往往受到细胞群体异质性的干扰，而单细胞数据可以避免这种干扰，精确地揭示在单个细胞中基因之间的协同表达关系，从而构建出更能反映真实生物学过程的基因共表达网络。这种基于单细胞表达谱构建的珠蛋白基因共表达网络，将有助于我们系统地理解珠蛋白基因在红细胞发育过程中的调控网络，为治疗相关血液疾病提供更为精准的分子靶点和理论依据。

1.2珠蛋白基因表达相关研究现状

长期以来，珠蛋白基因表达调控机制一直是生物学领域的研究热点。众多研究表明，珠蛋白基因的表达受到多种因素的精密调控。在转录因子方面，GATA-1、NF-E2、KLF1、BCL11A等发挥着关键作用。GATA-1是红系细胞发育和珠蛋白基因表达的关键调控因子，它能够与珠蛋白基因启动子区域的特定序列结合，激活基因转录。NF-E2则参与调控珠蛋白基因的表达，对红细胞的成熟和功能维持具有重要意义。KLF1可以通过与其他转录因子相互作用，调节珠蛋白基因的表达水平，影响红细胞的分化和发育。BCL11A在胎儿向成人珠蛋白转换过程中起重要作用，它能够抑制γ-珠蛋白基因的表达，促进β-珠蛋白基因的表达。顺式调控元件如基因座控制区（LocusControlRegion,LCR）和HS-40等也在珠蛋白基因表达调控中扮演重要角色。LCR是一段具有增强子活性的DNA序列，它可以与转录因子相互作用，远距离调控珠蛋白基因的表达，使珠蛋白基因在红系细胞中特异性高表达。HS-40位于α-珠蛋白基因簇上游，对α-珠蛋白基因的表达具有重要的调控作用。此外，染色质构象的变化也会影响珠蛋白基因的表达，通过改变基因与调控元件之间的空间距离和相互作用，进而调控基因转录。

尽管目前对珠蛋白基因表达调控已有一定的认识，但仍存在诸多局限性。传统研究方法难以全面解析复杂的调控网络，无法准确揭示基因之间的间接相互作用以及在不同细胞状态下调控机制的动态变化。现有研究多聚焦于少数关键调控因子和元件，对于一些潜在的调控因素和它们之间的协同作用了解甚少。单细胞技术的出现为突破这些局限性带来了希望。通过单细胞转录组测序，能够在单个细胞层面全面分析基因表达情况，精确识别不同细胞亚群中珠蛋白基因的表达特征，从而深入探究细胞异质性对基因表达的影响。在红细胞发育过程中，不同阶段的红细胞祖细胞和成熟红细胞构成了复杂的细胞群体，单细胞技术可以清晰地区分这些细胞亚群，并分析每个亚群中珠蛋白基因的表达模式和调控机制。利用单细胞技术还能够