生物信息分析软件快速入门指南.pdfVIP

IGV快速开始

1安装Java

地址:CN/

2安装IGV

2.1需要简要：

2.2

并安装

3打开IGV软件

3.1根据菜单导入*.fa文件数据

组‑à从文件加载组‑à在fasta格式中选择目标生物组

3.2根据菜单导入*.gtf文件数据，（也可以是*.gff）

文件à从文件加载‑à选择gtf(gff)格式的注释文件

IGVQuickStart

1安装java

地址：CN/

2安装IGV

2.1Briefregistrationisrequired:

2.2downloadandinstall

3打开igv软件

3.1根据菜单导入*.fa文件数据

Genomes-àloadgenomesfromfile-àselectyourtargetorganismgenomeinfasta

format

3.2根据菜单导入*.gtf文件数据，（也可以是*.gff）

FileàloadfromFile-àselectannotationfileingtf(gff)format

根据菜单导入文件数据

文件à从文件加载‑à在*.sort.bam格式中选择比对文件(同一个文件夹下必须同时包含,具有

共同前缀的*.sort.bam.bai文件)

4根据菜单调整视图

4.1偏好设置

视图à1,2选中

1)显示名称面板:选中后,方便直观在左侧看到打开的文件(如exm.gtf)2)显示标

题面板:选中后可以直观形象的看到的形状(3)及标尺(4)

使用（可根据自己的或要表达的信息来调整出自己感的

区域)

组文件

当前界面下显示区域所在的

当前界面下的显示区域，

恢复，前进，刷新，标注感区域，依据当前界面调整每个轨道（）

的宽度（从左向右）调整当前界面的最小单位长度

根据菜单导入文件数据

àà同一个文件夹下必

须同时包含，具有共同前缀的文件

4根据菜单调整视图

偏好设置

à选中

选中后，方便直观在左侧看到打开的文件（如）

选中后可以直观形象的看到的形状（）及标尺（）

使用（可根据自己的或要表达的信息来调整出自己感的

区域）

组文件

当前界面下显示区域所在

当前界面下显示区域，

恢复，前进，刷新，标注感区域，依据当前界面调整每个轨道（）

的宽度（从左向右）

调整当前界面的最小单位长度

当前界面显示

最小单位长度

3个轨道

5结果说明

显示比对结果的界面有不同的组成部分：覆盖度显示区