计算生物学讲座.pptxVIP

计算生物学讲座;基本概念

主要类容

数据库

序列比较

RNA二级结构预测

外源基因高效表达数学模型

蛋白质结构预测

进化树构建

基因预测：codingregion,noncodingRNAgenes

基因表达谱分析

计算工具：数据挖掘、模式识别等

BioSun软件介绍;Whatiscomputationalbiology;计算生物学定义;组成部分;数据库;序列比较;序列比较中的基本参数;Needleman-Wunsch算法;RNA二级结构预测;为什么要研究RNA二级结构预测;RNA二级结构中的基本结构;;RNA二级结构自由能计算;自由能计分系统;自由能计算;RNA二级结构预测方法分类;Dynamicprogrammingalgorithms;Zuker’sMinimumfreeenergy;Kineticfoldingalgorithms;如果不考虑所有可能的折叠路径，尽管

动力学折叠算法以最低自由能为目标去模

拟RNA二级结构，并不能保证最终获得的结

构为最低自由能结构。;Geneticalgorithms;对RNA二级结构预测来说，由于已有动

态编程算法来求RNA的最低自由能结构，所

以，可视遗传算法为动力学折叠算法的一

种。;Comparativemethods;收集来自不同物种的具有相同功能的RNA序列;两种最低自由能预测方法比较;哪一个结构最好;我们的工作;螺旋区;一级螺旋区概念;螺旋区之间的关系;RNA二级结构预测;中心思想;RNA二级结构预测的主要步骤;Phe-tRNA的三叶草结构;Phe-tRNA的最低自由能结构;基于1161tRNA序列的RS,HD和MFold比较;主要结论;BJRNAFold程序;外源基因高效表达

数学模型构建;实现外源基因在原核系统或真核系统

的高效表达具有重要的理论和实际意义。

如一些重要的细胞因子，在体内含量甚

微，单靠提取方法，难以获得足量的细胞

因子，从而阻碍了结构与功能关系研究，

更谈不上临床的大规模应用。;目前，有一些指导性原则可用于外源

基因的高效表达设计，如利用表达系统的

优势密码子替换外源基因中的稀有密码子

或改变RNA二级结构以提高表达水平，但

是，这些原则都是定性的，其次，这些因

素是分别考虑的，没有综合考虑这些因素

的共同作用。;当时，国内的情况是：国内科学家自

己组建的原核高效表达载体pBV220，自构

建以来，得到了广泛应用，利用该载体已

成功实现了多种细胞因??等外源基因的高

效表达，但也有表达水平比较低的情况，

给我们提供了丰富的数据资源。所以，我

们以之为基础，来定量研究外源基因表达

水平与其他因素之间的关系。

;数据收集;方法;RNA二级结构与高(低)表达关系;为了确定与高(低)表达具有显著性统计学意

义的区域，我们围绕起始密码子AUG和终止密码

子TAA附近，随机选取了多个片段，并运用基于

螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测方法，分析

了每个片段的二级结构，然后运用判别分析方法

考察每个片段二级结构自由能与高(低)表达之

关系，结果发现三个区间[21,89],[23,95]和

[28,93]的自由能与高(低)表达具有显著的统计

学意义,结果见下表。;表:区间选取与高(低)表达之间关系

─────────────────────

区间F值概率判别符合率

─────────────────────

[21,89]9.71950.001290.5%

[23,95]10.41150.000986.4%

[28,93]7.29980.004473.5%

─────────────────────;5`和3`端联合判别函数;5`端判别函数;3端判别函数:

LES3=-0.0535*G3^2-1.0971*G3-6.7433(5)

HES3=-0.2130*G3^2-5.6572*G3-37.9814(6)

统计量F=9.4318,P≤0.006,判别符合率为

68.2%。;5`和3`端条件;SD序列、ATG与TAA在二级结构中位置与高(低)表达关系;通过SAS软件分析,AUG,SD与TAA在

二级结构中参与配对的碱基数目与高