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甜瓜TCP基因家族全基因组的鉴定与表达分析.pdf

河南农业科学，2025，54（9）：127‐140

JournalofHenanAgriculturalSciencesdoi:10.15933/ki.1004-3268.2025.09.014

甜瓜TCP基因家族全基因组的鉴定与

表达分析

1，212222

李海伦，高宁宁，郭姚淼，孙东玲，王月玲，谢夔熙，

李鹏飞2212

，段世享，赵卫星，杨森

（1.河南省农业科学院园艺研究所，河南郑州450002；2.河南农业大学园艺学院，河南郑州450002）

摘要：TCP基因家族是植物体内特有的、与植物生长发育的不同阶段密切相关的一类转录因子，在甜瓜

中的研究鲜见报道。利用生物信息学方法对甜瓜TCP基因家族成员进行鉴定，并对其理化性质、亚细胞

定位、系统进化、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式元件、miRNA及基因表达模式进行分析。结果

表明，鉴定出29个含有TCP结构域的TCP基因家族成员，不均等地分布在9条染色体上。甜瓜TCP转录

因子家族蛋白的氨基酸数在61~600aa，分子质量在7115.16~65469.20u，理论等电点在5.62~10.06。亚

细胞定位预测分析表明，28个TCP蛋白定位在细胞核。根据系统发育分析可将家族成员划分为ClassⅠ

和ClassⅡ2个亚家族，进一步细分为PCF、CYC/TB1、CIN3个亚组。CmTCP基因结构都比较简单，均含

有1或2个外显子，极少数基因含有内含子，29个基因都含有Motif1，不同亚组成员含有的Motif存在差

异。顺式元件预测分析显示，甜瓜TCP基因家族启动子序列以光响应、激素响应、生长发育调控等相关

元件为主。miRNA预测分析得出25个miRNA与13个CmTCP基因相互作用。甜瓜基因组数据库RNA-

Seq分析显示，26个CmTCP基因在甜瓜组织中既有明确的组织分工表达，又有特定的组织部位表达；

qRT-PCR结果表明，CmTCP-CYC/TB1基因成员在甜瓜不同组织中的相对表达量差异显著。

关键词：甜瓜；TCP基因家族；生物信息学分析；全基因组鉴定；表达分析

中图分类号：S651文献标志码：A文章编号：1004-3268（2025）09-0127-14

Genome‐wideIdentificationandExpressionAnalysisofTCP

TranscriptionFactorFamilyinMelon

1，21222

LIHailun，GAONingning，GUOYaomiao，SUNDongling，WANGYueling，

22212

XIEKuixi，LIPengfei，DUANShixiang，ZHAOWeixing，YANGSen

（1.HorticultureInstitute，HenanAcademyofAgriculturalSciences，Zhengzhou450002，China；

2.CollegeofHorticulture，HenanAgriculturalUniversity，Zhengzhou450002，China）