定量分析丝氨酸_甘氨酸转换影响胃癌细胞增殖的动力学机制.pdfVIP

ResearchPapers研究报告

生物化学与生物物理进展

ProgressinBiochemistryandBiophysics

2024，51（3）：658~672

定量分析丝氨酸/甘氨酸转换影响

*

胃癌细胞增殖的动力学机制

1）2）3）4）5）1）**

樊军武朱晓梅范志远刘炳亚敖平陈永聪

1）2）

（上海大学物理系，上海200444；上海现代光学系统重点实验室，上海理工大学光电信息与计算机工程学院，上海200093；

3）同济大学医学院，同济大学附属第一妇婴保健院乳腺外科，上海200092；

4）上海交通大学医学院附属瑞金医院普外科，上海消化外科研究所，上海市胃肿瘤重点实验室，上海200025；

5）四川大学生物医学工程学院，成都610065）

摘要目的胃癌（GC）严重影响人类的健康生活，研究表明其与丝氨酸/甘氨酸代谢密切相关。丝氨酸/甘氨酸代谢对于

肿瘤细胞的增殖能力具有重要影响。本文的研究目的是探究丝氨酸/甘氨酸代谢能够影响胃癌细胞增殖能力的分子机制。

方法本文通过一种基于随机和非梯度系统的势能景观所建立的大型代谢网络动力学建模方法，构建了一个稳定的胃癌细

胞代谢动力学模型。基于对模型的调控，定量分析丝氨酸/甘氨酸代谢影响胃癌细胞增殖的动力学机制。对一般代谢网络动

力学方程添加随机噪声，通过随机动力学分解得到代谢网络参数空间的李雅普诺夫（Lyapunov）函数。进一步减少与随机

波动相关的Lyapunov函数变化，从而得到稳定的代谢网络。结果在动力学参数不足的情况下，成功构建了胃癌细胞代谢

网络的动力学模型。当胞外丝氨酸可用时，模型优先消耗丝氨酸；当甘氨酸生成丝氨酸的速率增加时，模型显著上调生成

S-腺苷甲硫氨酸（SAM）和S-腺苷同型半胱氨酸（SAH）的稳态通量。结论本文证明了胃癌细胞对于丝氨酸的优先摄取

以及丝氨酸/甘氨酸转化速率对SAM生成的重要作用，其可能通过调节细胞甲基化进程影响胃癌细胞的增殖能力，为靶向丝

氨酸/甘氨酸代谢的癌症治疗提供了新的思路和方向。

关键词胃癌，丝氨酸/甘氨酸代谢，细胞增殖，随机动力学分解，Lyapunov函数，S-腺苷甲硫氨酸，甲基化

中图分类号Q-03，Q279，Q615，Q-31DOI：10.16476/j.pibb.2023.0127

20世纪20年代，奥托·瓦伯格（Otto能量供应和物质需求，而丝氨酸/甘氨酸的生物合

Warburg）开创性地发现了癌细胞的特殊代谢行为，成是糖酵解的重要分支。糖酵解中间代谢产物3-磷

即使在充足氧气供给的情况下，癌细胞仍然将葡萄酸甘油酸（3-phosphoglycerate，3PG）经三步酶促

糖转化为乳酸而不是进入三羧酸循环反应转化为丝氨酸（serine），丝氨酸在丝氨酸羟甲

（tricarboxylicacidcycle，TCAcycle），该现象被称基转移酶（serinehydroxymethyltransferase，

［1］

为Warburg效应。Warburg效应被发现后近100SHMT）作用下可逆转化为甘氨酸（glycine）并提

年间，代谢与癌症的关系得到了广泛的研究。近十供一个一碳单位参与一碳代谢。一碳代谢由叶酸循

多年来，代谢改变已经被视为癌症的重要特征之环（folatecycle）和甲硫氨酸循环（methionine

一［2-3］。代谢改变可以提供大量的能