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华北农学报２０２５ꎬ４０(４):４９—５６

水稻籽粒总蛋白含量全基因组关联分析

１１１１ꎬ２１１

毛馨缘ꎬ杜怀东ꎬ董悦ꎬ于雪然ꎬ王敬文ꎬ李培富

(１.宁夏大学农学院ꎬ宁夏优势特色作物现代分子育种重点实验室ꎬ宁夏银川７５００２１ꎻ２.赤峰市农牧科学研究所ꎬ内蒙古赤峰０２４０００)

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摘要:为了优良品质稻米的培育ꎬ利用来自国内外１３９份水稻种质资源为材料ꎬ对２０２２２０２３年水稻籽粒总蛋白

含量进行表型分析ꎬ结合全基因组测序(覆盖深度１０×)所得２５５５０１个ＳＮＰ标记ꎬ利用一般线性模型进行全基因组

关联分析ꎬ避免假阳性影响选取阈值最高位置的基因进行单倍型分析ꎬ根据前人研究结果和基因功能注释预测水稻

籽粒总蛋白含量相关基因ꎬ通过实时荧光ＰＣＲ对预测基因进行相对表达量分析ꎮ结果表明ꎬ１３９份水稻籽粒总蛋白

含量属于中度变异ꎬ变异系数分别为２１.６６％ꎬ２０.６５％ꎬ符合正态分布ꎻ通过全基因组关联分析ꎬ在２个环境下共获得

显著ＳＮＰｓ５５个ꎬ分布在１ꎬ２ꎬ４ꎬ５ꎬ６ꎬ８ꎬ１１ꎬ１２号染色体上ꎬ其中有１６个连续且上下游区间不超过１００ｋｂ的ＳＮＰｓ分布

于１１号染色体ꎻ进一步对１１号染色体显著ＳＮＰｓ位点的上、下游５０ｋｂ(±５０ｋｂ)范围内的区间关联性强的基因进行

单倍型分析ꎬ结合基因功能注释以及灌浆期籽粒相对表达量分析的结果ꎬ初步推测ＬＯＣ＿Ｏｓ１１ｇ０８４６０与水稻籽粒总蛋

白含量相关ꎬ编码Ｄｎａｋ/Ｈｓｐ７０ｓ蛋白家族ꎮ综上ꎬ利用全基因组关联分析对１３９份水稻种质资源的总蛋白含量进行候

选基因预测及单倍型分析ꎬ为稻米品质遗传改良提供新的基因ꎬ加速稻米改良的过程ꎮ

关键词:水稻ꎻ籽粒ꎻ总蛋白含量ꎻ全基因组关联ꎻ候选基因

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中图分类号:Ｓ５１１.０３ꎻＱ７８文献标识码:Ａ文章编号:１０００７０９１(２０２５)０４００４９０８

ｄｏｉ:１０.７６６８/ｈｂｎｘｂ

Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＴｏｔａｌＰｒｏｔｅｉｎＣｏｎｔｅｎｔｉｎＲｉｃｅＳｅｅｄｓ

１１１１ꎬ２１１

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(１.ＳｃｈｏｏｌｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬＮｉｎｇｘｉａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭｏｄｅｒｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｒｅｅｄｉｎｇｆｏｒ

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