膨腹海马生长性状全基因组关联分析及候选基因的挖掘.pdfVIP

第３０卷第３期集美大学学报（自然科学版）Ｖｏｌ．３０Ｎｏ．３

２０２５年５月ＪｏｕｒｎａｌｏｆＪｉｍｅｉＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ）Ｍａｙ２０２５

［文章编号］１００７－７４０５（２０２５）０３－０２２５－１２ＤＯＩ：１０．１９７１５／ｊ．ｊｍｕｚｒ．２０２５．０３．０３

膨腹海马生长性状全基因组关联

分析及候选基因的挖掘

１，２，３４４４４４

郑磊，梁建韬，左小玲，韦丽云，闫旭，卢柯宇，

４４１，２，３５１，２，３４

张敏琳，梁凯珊，涂传灯，何丽斌，郑乐云，王庆

（１．厦门海洋职业技术学院海洋生物学院，福建厦门３６１１０２；２．海洋资源保护与生态治理福建省高等学校

应用技术工程中心，福建厦门３６１１０２；３．厦门市智慧渔业重点实验室，福建厦门３６１１０２；

４．华南农业大学海洋学院，广东广州５１０６４２；５．福建省水产研究所，福建厦门３６１０１２）

［摘要］传统的膨腹海马（Ｈｉｐｐｏｃａｍｐｕｓａｂｄｏｍｉｎａｌｉｓ）生长性状的选育方法研究进展较慢，育种周期长，

结合分子育种技术可加快育种进程。但是目前关于膨腹海马生长性状相关的分子标记和基因还不清楚。采集

相同条件下极端快速生长（７９尾）和极端缓慢生长（７５尾）的膨腹海马，通过基因组重测序检测到

４１７２７６０个单核苷酸多态性（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＮＰ）位点，并通过全基因组关联分析（ｇｅｎｏｍｅ⁃

ｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙ，ＧＷＡＳ）鉴定出２７个与生长性状关联的ＳＮＰ位点，它们主要分布于６号染色体上，

显著关联ＳＮＰ对性状的解释贡献率合计达４９５３％。此外，通过挖掘ＳＮＰ位点上下游５０ｋｂ区域，找到４２

个潜在影响生长的候选基因，基因本体（ｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ，ＧＯ）、京都基因与基因组百科全书（Ｋｙｏｔｏｅｎｃｙｃｌｏ⁃

ｐｅｄｉａｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｇｅｎｏｍｅｓ，ＫＥＧＧ）富集分析显示，这些基因主要富集在碳水化合物消化吸收、矿物质吸收

和细胞连接等相关通路。进一步分析基因在快速生长个体和缓慢生长个体中的差异表达情况，发现１５个基

因可能与膨腹海马生长性状相关。

［关键词］膨腹海马；生长性状；全基因组关联分析；单核苷酸多态性；候选基因

［中图分类号］Ｓ９１７４

Ｇｅｎｅ⁃ＷｉｄｅＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎＳｔｕｄｙｔｏＩｄｅｎｔｉｆｙＣａｎｄｉｄａｔｅＧｅｎｅｓｆｏｒ

ＧｒｏｗｔｈＴｒａｉｔｓｉｎＨｉｐｐｏｃａｍｐｕｓａｂｄｏｍｉｎａｌｉｓ