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2025年第5期总第141期疾病防控
猪细环病毒2型ORF1蛋白的生物信息学分析
黄敏
(湖南农业大学动物医学院,湖南长沙410000)
为揭示猪细环病毒2型(TTSuV-2型)ORF1蛋白的特性,研究通过生物信息学分析该蛋白的亲水性、胞质定位及
摘要:
多表位特征。结果发现,ORF1蛋白由635个氨基酸组成,分子量约为75.04kDa,等电点为10.09,属于不稳定亲水性蛋白,
不稳定系数为66.40,GRAVY值为-0.783;二级结构预测显示,ORF1蛋白以无规则卷曲(50.08%)为主,含23.46%α-螺
旋和19.53%延伸链,无跨膜结构域及信号肽;亚细胞定位分析表明,该蛋白主要位于细胞质,含65个磷酸化位点和2个N-
糖基化位点;抗原表位预测显示,共鉴定出17个B细胞优势表位。研究结果为TTSuV-2型亚单位疫苗的研发提供了理论依据。
关键词:TTSuV;ORF1;生物信息学;亲水性;亚单位疫苗
猪细环病毒(Torquetenosusvirus,TTSuV)2结果与分析
是一种无囊膜的单链环状DNA病毒,分为2种基因型
2.1TTSuV-2型ORF1蛋白的理化特性分析
(TTSuV-1型和TTSuV-2型),于1999年首次在猪体内
[1]对ORF1编码蛋白的理化参数进行解析,
检出。目前,尚无证据表明TTSuV可单独引发临床病症,
该蛋白由635个氨基酸构成,其理论分子式为
但常与PRRSV、PCV2等临床上常见的病毒混合感染,并
a
[2]CHNOS,相对分子质量75038.78D,理论
存在协同致病效应。在断奶仔猪多系统衰竭综合征3359516598991929
发病猪群中,TTSuV的检测阳性率高于健康猪群,相较等电点(pI)为10.09。氨基酸组成分析显示,精氨
于TTSuV1型,TTSuV-2型与其他病毒(如PCV2)的混合酸占比最高,为11.8%;而组氨酸含量最低,为0.6%。
感染率更高,迄今为止仍未有实验室成功分离和培养负电荷氨基酸(天冬氨酸、谷氨酸)64个,正电荷
TTSuV,这为TTSuV的防控带来了挑战[3]。TTSuV主要包氨基酸(精氨酸、赖氨酸)110个。该蛋白的消光系
5-1-1
括3个互相重叠的开放阅读框,即ORF1、ORF2和ORF3,数预测值为1.92×10Mcm,不稳定指数为66.40,
其中ORF1是最大的开放阅读框,编码病毒的核衣壳蛋白,脂肪族指数为60.35,属于不稳定蛋白。
[4]TTSuV-2型ORF1蛋白的亲疏水性区域、跨膜结构
并参与病毒的复制,具有一定的抗原性。本试验通过
多维度生物信息学手段解析TTSuV-2型的分子特性,将域及信号肽分析由图1可知,整个多肽链中约78.6%
有助于建立针对该病毒的新型疫苗研发体系,为制定精的氨基酸亲疏水指数处于负值区间(GRAVY=-0.783),
准防控策略提供理论依据。提示ORF1蛋白为亲水性蛋白。
1材料与方法
在NCBI数据库收集TTSuV-2型ORF1(GenBank
登
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