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瘤胃微生物组测序及生物信息学分析
1目录
第一部分瘤胃微生物组测序平台选择2
第二部分瘤胃微生物组测序质量控制4
第三部分瘤胃微生物组组装与注释8
第四部分瘤胃微生物组多样性分11
第五部分瘤胃微生物组物种网络构建13
第六部分瘤胃微生物组功能预测16
第七部分瘤胃微生物组与宿主代谢关系20
第八部分瘤胃微生物组信息学分趋势22
第一部分瘤胃微生物组测序平台选择
关键词关键要点
NGS平台的选择
1.测序通量和成本：NGS平台的测序通量和成本是选择时
需要考虑的重要因素。高通量测序平台可以产生大量数据，
但成本也较高。低通量测序平台成本较低，但数据量也较
少C
2.测序读长和准确性：NGS平台的测序读长和准确性也是
需要考虑的因素。长读长测序平台可以获得更长的序列，
但准确性可能较低。短读长测序平台测序读长较短，但准
确性较高。
3.文库制备要求：NGS平台的文库制备要求也需要考虑。
一些平台需要使用特定的文库制备试剂盒，而另一些平台
则可以使用通用文库制备试剂盒。
Sanger测序平台的选择
1.测序通量和成本：Sanger测序平台的测序通量和成本是
选择时需要考虑的重要因素。高通量测序平台可以产生大
量数据，但成本也较高。低通量测序平台成本较低，但数据
量也较少。
2.测序读长和准确性：Sanger测序平台的测序读长和准确
性也是需要考虑的因素。长读长测序平台可以获得更长的
序列，但准确性可能较低。短读长测序平台测序读长较短，
但准确性较高。
3.文库制备要求：Sanger测序平台的文库制备要求也需要
考虑。一些平台需要使用特定的文库制备试剂盒，而另一
些平台则可以使用通用文库制备试剂盒。
瘤胃微生物组测序平台选择
瘤胃微生物组测序平台的选择对于获得高质量的测序数据和准确的
分结果至关重要。目前，有三种主流的瘤胃微生物组测序平台可供
选择：IlluminaHiSeq/MiSeq平台、IonTorrentPGM平台和PacBio
RSII平台。
IlluminaHiSeq/MiSeq平台:IlluminaHiSeq/MiSeq平台是目前最
常用的瘤胃微生物组测序平台，具有高通量、高准确度和低成本的优
点。HiSeq平台可以产生高达2X150bp的测序数据，而MiSeq平台
可以产生高达2X300bp的测序数据。这两个平台都使用Illumina
的专利测序技术，该技术基于簇生扩增PCR和边合成边测序原理。
IonTorrentPGM平台：IonTorrentPGM平台是另一种常用的瘤胃
微生物组测序平台，具有高通量和低成本的优点。PGM平台可以产生
高达1X00bp的测序数
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