基于网络药理学和分子对接法分析5种中药活性成分治疗心肌缺血再灌注损伤的机制.pdfVIP

辽宁中医杂志２０２４年第５１卷第６期·５·

ＤＯＩ∶１０．１３１９２／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００１７１９．２０２４．０６．００２

基于网络药理学和分子对接法分析５种

中药活性成分治疗心肌缺血再灌注损伤的机制

戎嘉诚，洪俊，黄磊，陈旭东

（宁波市杭州湾医院，浙江宁波３１５０００）

摘要：目的利用网络药理学和分子对接法的分析技术，预测大黄素、木香烃内酯、水甘草碱、表儿茶素没食子酸酯、

冬凌草甲素等中药活性成分治疗心肌缺血再灌注损伤的作用机制。方法使用中药系统药理数据库和分析平台（Ｔｒａｄｉ

ｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅＳｙｓｔｅｍｓＰｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙＤａｔａｂａｓｅａｎｄＡｎａｌｙｓｉｓＰｌａｔｆｏｒｍ，ＴＣＭＳＰ）、ＨＥＲＢ和ＳｗｉｓｓＴａｒｇｅｔＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎ数据

库寻找５种药物活性成分的作用靶点，并通过Ｇｅｎｅｃａｒｄｓ数据库寻找心肌缺血再灌注损伤的疾病靶点，两组靶点相交得

到５种活性成分针对于心肌缺血再灌注损伤的潜在治疗靶点组合。接着对上述靶点合集进行功能富集（采用Ｒ语言程

序，“ＣｌｕｓｔｅｒＰｒｏｆｉｌｅｒ”包），并进一步分析，随后构建活性成分、靶点、通路、疾病和富集结果间的多种关系网络，使用Ｃｙｔｏ

ｓｃａｐｅ进行美化。使用Ｓｔｒｉｎｇ数据库和Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ软件构建靶点蛋白互作网络（ｐｒｏｔｅｉｎ－ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋｓ，ＰＰＩ）集

合，并利用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ的ＣｙｔｏＨｕｂｂａ功能筛选关键（ｈｕｂ）靶基因。使用ＰｙＭＯＬ和Ａｕｔｏｄｏｃｋ软件进行分子对接和结果可视

化及美化。结果５种活性成分治疗心肌缺血再灌注损伤的潜在作用靶点共有５１个，我们发现在整体的蛋白互作网络

中排名前５位的关键基因分别为编码丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶１（Ａｋｔｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅｋｉｎａｓｅ１，ＡＫＴ１）、白细胞介素１β

（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ－１，ＩＬ－１）、半胱天冬酶３（Ｃａｓｐａｓｅ３，ＣＡＳＰ３）、血管内皮生长因子Ａ（ｖａｓｃｕｌａｒｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌｇｒｏｗｔｈｆａｃｔｏｒＡ，

ββ

ＶＥＧＦＡ）、信号转导子和转录激活子３（ｓｉｇｎａｌｔｒａｎｓｏｌｕｃｅｒａｎｄａｃｔｉｖａｔｏｒｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ３，ＳＴＡＴ３），它们涉及基因组百科全书

（Ｋｙｏｔｏｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｇｅｎｏｍｅｓ，ＫＥＧＧ）相关富集通路７４条、基因本体论（ｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ，ＧＯ）生物过程富集条目

１００７条、ＧＯ细胞功能富集条目３９条。随后的分子对接结果发现，这５种活性成分各自与关键基因中的一种或多种结合

较好。结论大黄素、木香烃内酯、水甘草碱、表儿茶素没食子酸酯、冬凌草甲素５种中草药药物活性成分可能主要通过

ＡＫＴ１、ＩＬ－１、ＣＡＳＰ３、ＶＥＧＦＡ、ＳＴＡＴ３等靶点作用于多种通路来发挥治疗心肌缺血再灌注损伤的作用。

β

关键词：中草药；大黄素；木香烃内酯；水甘草碱；表儿茶素没食子酸酯；冬凌草甲素；心肌缺血再灌注损伤；网络药理

学；分子对接

中图分类号：Ｒ２８５文献标志码：Ａ文章编号：１０００１７１９（２０２４）０６０００５０６

ＭｅｃｈａｎｉｓｍｏｆＦｉｖｅＴＣＭＡｃｔｉｖｅＩｎｇｒｅｄｉｅｎｔｓｉｎＴｒｅａｔｍｅｎｔｏｆＭｙｏｃａｒｄｉａｌＩｓｃｈｅｍｉａ－ＲｅｐｅｒｆｕｓｉｏｎＩｎｊｕｒｙ

ＡｎａｌｙｚｅｄｂｙＮｅｔｗｏｒｋＰｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｏｃｋｉｎｇＭｅｔｈｏｄ

ＲＯＮＧＪｉａｃｈｅｎｇ，ＨＯＮＧＪｕｎ，ＨＵＡＮＧＬｅｉ，ＣＨＥＮＸｕｄｏｎｇ