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[]使VMD根据pdb文件中的CONNECT字段

设定原子连接关系

2012-01-2506:39

使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系

文/Sobereva2012-Jan-25

虽然pdb文件当中定义了CONECT字段用于明确定义原子间连接关系，然而VMD

并不会利用之，无论有没有CONECT字段，VMD在pdb后都是根据距离范围

自动猜测原子间连接关系。这种处理方式往往不能满足我们的特殊要求，利用

DynamicBonds的显示方式也并不能完全解决问题。虽然也有connect2psf程序

（）可以将CONECT的连

接关系转换为psf文件，载入psf文件后就可以向VMD自定义的拓扑信息，

然而connect2psf程序只有IRIX5.x下预编译好的版本，一般用户没法用。本文

一个Tcl，可以让VMD载入pdb文件时能够根据CONECT字段的信息设定连

接关系。

首先简要介绍一下pdb文件中的CONNECT字段。CONNECT字段一般出现在原子坐

标定义，诸如这样：

CONECT1787178617881789

CONNECT178817871793

它代表了1787号原子和1786、1788、1789号原子相连，1788原子和1787、1793

号原子相连。普通的残基、水分子不需要CONNECT字段描述原子连接关系，因为

根据原子类型和键长可以很明确地确定哪些原子是相连的。而对于涉及到非键

长、特殊残基（比如血红素）、特殊残基与残基相连的情况，程序在判断哪些

原子间应当相连时存在不确定性，CONNECT字段的连接信息就用来解决这个

问题。另外，二硫键也是靠CONNECT来描述的。

在VMD中，每个原子都有连接关系列表，用户可以查看和修改。在Tcl窗口中输

入下面令选择3至5号原子setsel[atomselecttop“serial3to5”]

然后输入$selgetbonds,返回比如:

{208}{1021}{51918}

这代表当前选择范围中的1号原子（对应serial3）与index20、index8原子相连；

当前选择范围中的2号原子（对应serial4）与index10、index21原子相连；当前选

择范围中的3号原子（对应serial5）与index5、index19、index18原子相连。

我们可以修改连接关系,比如让选择范围中的1号原子只与index4原子相连,让2号

不与任何原子相连,让3号在原有基础上还与index8原子相连,那么就输入:$sel

setbonds{4{}{519188}}

此时会看到图形窗口中连接关系立刻更新了。你可能会觉得图上显示得很奇怪，有

很多化学键只显示了一半。这是因为两个原子的连接关系列表里都有对方时才肯定

会显示完整的键，如果A的连接列表里有B，而B里的没有A，那么往往只会显示

出从A延伸向B的半个键。

下面这个Tcl就是根据上述原理通过CONNECT字段来设定VMD中原子间

连接关系。拷贝到Tcl窗口下即可运行。

natm是体系中总原子数，nskipline代表在CONNECT段落之前有多少行，这些行会

被空过去。itype如果为0，CONNECT字段定义的连接关系就是最终原子间连接关

系；如果为1，代表CONNECT字段定义的是附加的连接关系，而不是将原有连接

关系给覆盖掉。

此允许CONNECT字段中每个原子最多与12个其它原子相连（实际上这也是

VMD自身的上限）。CONNECT字段的第一列，即参考原子的序号，要求从小到大

排序。不用给所有原子都用C