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引物设计:
1,选择合适的载体。酶切位点及其顺序(酶切位点的顺序一定不能颠倒)。
2,在NCBI上再次确认目的片段的碱基序列。
首位20个碱基保护碱基4个
首位20个碱基
保护碱基4个
上游酶切位点
设计引物:primer-up:---------
末尾20个碱基的反向互补碱基保护碱基4个下游酶切位点Primer-down:-----------
末尾20个碱基的反向互补碱基
保护碱基4个
下游酶切位点
核对----送公司合成。
对公司合成的引物离心,10000rpm、5-10分钟、at4℃,在超净台按照管子上标注的体积加入高压水(2dH2O),再把上游引物和下游引物混在一起,at4℃保存。
PCR(P出目的片段):
(一)、从韩家淮实验室赠送的菌液里P出目的片段:
1,揺菌过夜:2ul韩家淮实验室的菌液,
15ml离心管Xul相应的抗生素
15ml离心管
3mlLB94℃5min
33cycles2,pcr:菌液1ul94℃30sec
33cycles
Pcr温度体系Pcr(50ul)反应体系2xPFUmix25ul
Pcr温度体系
Pcr(50ul)反应体系
Primer1ul72℃Xmin
2dH2O23ul72℃5min
(X是根据片段的长度设定,500-1000bp/min,退火温度根据Tm值来计算,一般低于Tm值2℃)
3,跑胶、回收:
(1),配胶:
煮沸3次1%的琼脂糖胶:大块称0.6g的琼脂糖
煮沸3次
1%的琼脂糖胶:大块
加入60ml的1XTAE
加入0.6ul的EB(待温度降到50-60℃左右时)
25分钟后,即可点样跑胶。
(2),跑胶:130-150V、25-30分钟左右。
(3),紫外灯下观察,切胶(要带防护手套和口罩)
4,做胶回收(天根{TIANGEN}公司的DNA纯化回收试剂盒):
按照试剂盒的protocol来做,在胶回收的最后一步,ElutionBuffer预先在55-65℃温箱中水浴,并且在加过EB后,放在37℃温箱中2min。
对胶回收的产物跑胶验证。可建立10ul的体系:回收产物2ul、10xloadingbuffer2ul、2dH2O6ul。
酶切、链接:
1,目的片段酶切:(37℃酶切过夜或者4小时)
insert:上述胶回收产物35ul
10xHbuffer(1.5x)7ul
50ul的体系ddH2O6ul
酶11ul
酶21ul
2,载体酶切:(37℃酶切过夜或者4小时)
Vector(1ug/ul):2ul
10xbuffer(1.5x)3ul
20ul的体系ddH2O13ul
酶11ul
酶21ul
为方便以后使用,载体可以一次性多切点。
3,酶切时,首先要核对一下酶的buffer,有时双酶切时两个酶不能共用一种buffer,那么就要先切一端,酶切回收后再用另一酶切另一端,然后再酶切产物回收。
4,连接:
2xRapidLigation6ul
Vector0.8ul
12ul的体系insert4.5ul
(目的是为了多加点insert)T4DNALignase1ul
转化:
质粒10ul感受态细菌10ul{
质粒10ul
感受态细菌10ul
⑴、冰上20分钟-→热激:42℃、90秒-→冰上2分钟
⑵、加1mlSOC(或者1mlLB),37℃、180rpm、45分钟。
⑶、将上述转化后的菌液加入到100ml的LB中。再按抗生素:LB=1:1000的比例加入抗生素,(100ml的LB加50ul的2Kx的氨苄)。
⑷、250
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