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林木单细胞ATAC-seq数据分析试题库及答案

一、单项选择题（每题2分，共10题）

1.单细胞ATAC-seq主要研究的是（）

A.DNA甲基化B.染色质可及性C.基因表达D.蛋白质结构

2.以下哪种软件常用于单细胞ATAC-seq数据降维（）

A.BowtieB.SeuratC.MACS2D.BWA

3.单细胞ATAC-seq数据中细胞聚类依据的是（）

A.基因长度B.染色质开放区域C.细胞大小D.测序深度

4.识别染色质开放区域常用工具是（）

A.SamtoolsB.HomerC.RSEMD.HTSeq

5.对单细胞ATAC-seq数据质量控制不包括（）

A.细胞捕获数B.线粒体基因比例C.基因表达量D.开放染色质区域数

6.单细胞ATAC-seq数据可视化可选用（）

A.GraphPadB.ggplot2C.FlowJoD.Inkscape

7.与bulkATAC-seq相比，单细胞ATAC-seq优势在于（）

A.检测范围广B.成本低C.可区分细胞异质性D.数据分析简单

8.用于单细胞ATAC-seq数据比对的参考基因组需要（）

A.随机选择B.与物种匹配C.最新版本D.原核生物基因组

9.单细胞ATAC-seq文库构建起始材料是（）

A.蛋白质B.细胞C.组织块D.mRNA

10.确定细胞类型标记基因可借助（）

A.随机森林B.主成分分析C.差异分析D.聚类分析

二、多项选择题（每题2分，共10题）

1.单细胞ATAC-seq数据分析流程包含（）

A.数据预处理B.细胞聚类C.差异分析D.可视化

2.以下可用于单细胞ATAC-seq数据比对的软件有（）

A.STARB.HISAT2C.TopHatD.BWA

3.影响单细胞ATAC-seq数据质量因素有（）

A.细胞活性B.测序深度C.文库构建方法D.样本保存条件

4.识别细胞亚群常用方法有（）

A.层次聚类B.密度聚类C.基于图的聚类D.系统聚类

5.单细胞ATAC-seq可应用于（）

A.发育生物学研究B.疾病机制探索C.林木育种D.微生物群落分析

6.对染色质开放区域注释可利用（）

A.基因数据库B.转录因子结合位点数据库C.代谢通路数据库D.蛋白质结构数据库

7.单细胞ATAC-seq数据标准化方法有（）

A.分位数标准化B.文库大小标准化C.基于模型标准化D.Z标准化

8.可视化单细胞ATAC-seq数据聚类结果工具有（）

A.UMAPB.t-SNEC.PCAD.MDS

9.从单细胞ATAC-seq数据中获取生物学信息有（）

A.细胞分化轨迹B.转录调控网络C.基因功能D.蛋白质相互作用

10.优化单细胞ATAC-seq实验可从哪些方面入手（）

A.样本采集B.实验设备C.数据分析算法D.试剂选择

三、判断题（每题2分，共10题）

1.单细胞ATAC-seq能同时分析多个细胞染色质可及性差异。（）

2.所有单细胞ATAC-seq数据都需进行批次效应校正。（）

3.单细胞ATAC-seq数据分析中基因表达量是核心指标。（）

4.可视化工具只能展示聚类结果，无法展示其他数据特征。（）

5.数据比对过程中参考基因组版本对结果无影响。（）

6.单细胞ATAC-seq文库构建方法固定，不能改进。（）

7.染色质开放区域一定是基因启动子区域。（）

8.差异分析可确定不同细胞亚群间染色质可及性差异。（）

9.聚类分析结果中每个细胞亚群都有独特生物学功能。（）

10.单细胞ATAC-seq数据预处理不包括去除低质量reads。（）

四、简答题（每题5分，共4题）

1.简述单细胞ATAC-seq数据分析中细胞聚类的目的。

答案：将具有相似染色质可及性特征的细胞归为一类，以识别不同细胞亚群，揭示细胞间的异质性，为后续研究不同细胞类型的功能和调控机制奠定基础。

2.列举两种常用的单细胞ATAC-seq数据可视化方法及作用。

答案：UMAP和t-SNE。UM