分子生物学第09章DNA分子标记技术.pptVIP

9.1基于Southern杂交技术的分子标记9.2随机（或半随机）引物分子标记技术9.3序列标志位点技术9.4分子标记的应用领域9DNA分子标记技术

DNA分子标记的定义DNA分子标记就是在同一物种不同个体间DNA序列上的差异，某一特定的差异可以通过实验的方法检测出来，测出来的特定差异就是特定的DNA分子标记。利用不同的实验方法可以得到许许多多的DNA分子标记，这些DNA分子标记表明了这些个体间遗传物质上的差异。

遗传标记的发展形态标记→细胞学标记（染色体多态性）→蛋白质标记（同工酶，分子标记）→DNA标记（分子标记）

RFLP分析RFLP（restrictionfragmentlengthpoly-morphism）称为限制性片段长度多态性。当用某种限制性内切酶处理不同生物个体来源的DNA时，由于个体间DNA序列的差异，所产生的切割片段长度和数量可能不同，利用凝胶电泳可以将这些片段分离并观察到差异，这种差异就是RFLP。

RFLP分析RFLP产生的差异带可以作为分子标记，用于遗传学的研究。当一个生物有多条染色体，且DNA分子很大时，用一种限制性内切酶切割出的DNA片段太多，电泳后的条带无法分辨。使用某一特定序列的标记探针，与电泳分离的片段进行Southern杂交，再显示出杂交带，可以大大减少被观察条带的数目，便于不同生物个体间的比较和找出差异带。

RFLP分析换不同的限制性内切酶切割，配合不同的标记探针，可以得到数目多得惊人的条带，从而找到很多的分子标记。这些分子标记与表型标记一样，可以用于遗传学的研究。但分子标记没有显隐性之分，都是共显性的。

采用一种探针

作6个栽培品种的RFLP分析

RFLP所用探针的来源RFLP分析的效率依赖于选择合适的探针。由于用能探测重复序列的探针探测出的片段太多，难以比较，所以探针一般来自单拷贝或低重复序列。常用的RFLP探针主要来源于随机基因组克隆和cDNA克隆。

什么是多态性多态性是在不同个体之间比较得到的差异带，来自于一个个体本身的长短不等的片段不是多态性。

RFLP标记的优点1.RFLP标记无表型效应，不受环境条件和发育阶段的影响。因此可在特征性状远未出现之前就可以知道其基因型。2.?RFLP标记在等位之间是共显性的，因此不受杂交方式的影响。不管是正交、反交、回交，总是在F1代中含有两亲本各一组染色体的片段之和。3.用不同探针可以探测出不同的RFLP标记，标记的密度远远超过以性状为基础的图谱。

RFLP的不足虽然RFLP分子标记有这些优点，但实验步骤较多，费工费时，费用也高，使其应用受到一定的限制。要使RFLP在指导遗传育种中发挥作用，还必须将RFLP与已知性状联系起来，仅有RFLP标记图使用价值不大。

可变数量串联重复（VNTRs）在真核生物基因组中有小卫星和微卫星序列存在，它们是短序列（核心序列）高度重复的序列，在不同生物个体间，某一座位上的核心序列重复的次数有很大差异，并且这些重复序列有多座位性，因此形成了高度的多态性。用某种高度重复序列的核心序列作探针，测定其RFLP，得到电泳后的杂交图谱，这种图谱称为指纹图谱，可以用来鉴别个体、亲子鉴定等。

VNTR一例Thecauseofthevariationbetweenindividualgenomesatmicrosatellitesorminisatellitesisthatindividualalleleshavedifferentnumbersoftherepeatingunit.Forexample,oneminisatellitehasarepeatlengthof64bp,andisfoundinthepopulationwiththefollowingdistribution:7%18repeats11%16repeats43%14repeats36%13repeats4%10repeats

VNTR差异带的检测

父母子女间VNTR的检测结果

VNTR应用举例用33.15（探针名）进行白种人的DNA指纹分析时，两个无血缘关系的个体具有相同DNA指纹图谱的概率为3×10－11，而当把33.15和33.6两个探针取得的结果综合分析时，两个个体指纹图谱相同的概率更是降低到5×10－19。

随机扩增多态DNA（RAPD）RAPD（rando