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仅根据序列即可确定表观组情况
：生物360/作者：koo/
一种新的计算方法可以根据序列来预测表观遗传学标志和甲基化模式。
人们长久以来都拥有一个遥不可及的目标——根据某位点上的序列，就能够预
测出该位点上的调控活性。在本期的《自然方法》（NatureMethods）期刊中，Whitaker
等人朝着这一目标迈出了一大步。他们构建出了一系列计算模型，只需要利用序列数据，就
可以非常准确地预测出组蛋白标志和甲基化的位置。这些前所未有的研究结果可以证明：
细胞的大部分表观遗传状态都于自身的组序列。Whitaker等人在一般细胞和特殊
细胞中，确定了一些特殊的、可能会对特定表观遗传学标志的存在与否产生巨大影响的
序列模体。
同一有机体内的细胞通常都具有完全相同的组序列，但是不同类型的细胞却呈现出
完全不同的表达情况。每个细胞会利用表观遗传因子，在特定的位点上做上转录激
活和抑制的标记。这些表观遗传因子包括自身的甲基化以及组蛋白（即可将组装成
染色质的蛋白质）的共价修饰，其中被研究得最多的组蛋白修饰是组蛋白H3赖氨酸残
基的甲基化和乙酰化。这些组蛋白修饰具有以下功能：传递细胞标识、激活和抑制转录
过程、对重要的调控元件（例如转录起始位点和增强子）进行标记。在此所有组
蛋白修饰和甲基化的分布情况作为细胞的表观遗传状态。
同一类型的细胞在发育过程中会倾向于出现相类似的表观遗传状态。为了能够在任意
位点上重成细胞类型特异性的表观遗传状态，细胞需要用到两种信息。这两种信息
包括：该位点上曾经出现过、昙花一现的表观遗传学特征，以及更为稳定的序
列。由于细胞在发育过程中仅仅凭借这些信息就能够很可靠地重成自身的表观
组，因此我们应该也能够采用计算模型，根据相同的信息来预测细胞的大部分表观遗传状态。直到
如今，人们才真正地认识到了这种理论上的可能性。
Whitaker等人研发出了一套名为Epigram的软件应用程序，可以根据序列模体的
信息来预测甲基化和组蛋白修饰的情况。他们利用序列数据、免疫共沉淀测
序（chromatinimmunoprecipitation–sequencing,ChIP-seq）数据和methylC-seq数据
构建了这一计算模型。在特定类型的细胞中，序列模体与细胞特异性表观遗传标志之间
存在着关联，而他们根据这种关联来鉴定这些序列模体。他们也表明，有一些序列
模体往往会专门出现在表观遗传标志富集区域的或边缘。
截止到投稿为止，这项研究工作首次直接证明了表观遗传学修饰具有较高的可预测性：
我们仅凭借序列就可以准确预测表观遗传学修饰情况。以往的研究工作，序列模
体断裂与组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化（H3lysine27acetylation,H3K27ac）水平的
变化之间存在关联，但是Epigram却能够用更少的模体来解释的H3K27ac变异。
Benveniste等人在的另一篇中也利用序列信息来预测表观遗传状态。尽管
Epigram能够从序列中提取出更有预测性的信息，但是Benveniste等人的方法却稍微
了Epigram的性能：他们利用ChIP-seq数据，可以对存在有转录因子的区域进行预测。
Epigram已经发现了许多具有预测价值的序列模体，但是由于这些模体与那些已经公开的
转录因子结合模体非常相似，因此这两项研究共同证明：已知的转录因子在促进细胞形成表
观遗传状态上发挥了重要的作用。尽管如此，但是如果我们能够在
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