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探索RNA二级结构：计算生物学的前沿洞察与挑战

一、引言

1.1RNA二级结构的基础概念

RNA（核糖核酸）作为一类极为重要的生物大分子，广泛参与众多关键的生物学过程，在生命活动中扮演着不可或缺的角色。RNA二级结构是指RNA分子通过自身折叠，在局部区域形成的特定空间构象，由单链RNA分子内的核苷酸通过碱基互补配对原则相互作用而形成。这种结构对RNA正常功能的发挥至关重要，在某些情况下，其重要性甚至超过了RNA的序列本身。

RNA二级结构的构成要素主要包括茎（stem）、环（loop）和发卡结构（hairpinstructure）等。茎是由互补碱基对通过氢键相互配对