第15章MRI数据集预处理.pptxVIP

MRI数据集预处理全流程解析从数据解压到验证的深度学习医学影像处理实践

目录CONTENTSMRI数据集预处理概述01核心技术要点02预处理实现流程03数据合并与重命名04图像裁剪处理05验证与输出06

MRI数据集预处理概述01

深度学习应用于医学影像分析深度学习与医学影像分析利用U-Net等模型对MRI图像进行脑区分割，使用旋转等手段增强数据以提升模型泛化能力。医学影像数据处理用nibabel库处理NIfTI格式文件，获取图像及元数据；预处理时需解压、合并标签、裁剪及重命名图像。数据处理与优化通过归一化、标准化处理数据，依据标签有效区域裁剪图像。工具与库应用运用numpy、nibabel等Python库，借助PyTorch、TensorFlow或MONAI等深度学习框架。

MRI数据预处理流程介绍1·2·3·4·MRI数据集预处理流程MRI数据集预处理包括数据解压、标签合并、图像重命名、裁剪和验证等步骤，用于深度学习模型训练。医学影像数据处理使用nibabel库处理NIfTI格式文件，获取图像及元数据，进行解压、合并标签、裁剪及重命名。深度学习与医学影像分析利用U-Net等模型对MRI图像进行脑区分割，使用旋转等手段增强数据以提升模型泛化能力。数据处理与优化通过归一化、标准化处理数据，依据标签有效区域裁剪图像为(64,64,96)大小。

核心技术要点02

处理NIfTI格式医学影像数据0102030401030204NIfTI格式数据处理用nibabel库处理NIfTI格式文件，获取图像及元数据；预处理时需解压、合并标签、裁剪及重命名图像。深度学习模型应用利用U-Net等模型对MRI图像进行脑区分割，使用旋转等手段增强数据以提升模型泛化能力。数据优化处理通过归一化、标准化处理数据，依据标签有效区域裁剪图像为(64,64,96)大小。工具与库使用运用numpy、nibabel等Python库，借助PyTorch、TensorFlow或MONAI等深度学习框架。

使用U-Net模型进行脑区分割U-Net模型脑区分割利用U-Net等模型对MRI图像进行脑区分割，使用旋转等手段增强数据以提升模型泛化能力。

数据归一化与标准化处理数据归一化与标准化处理通过归一化、标准化处理数据，依据标签有效区域裁剪图像。#将源文件和标签文件裁剪为(64,64,96)大小后保存defCrop():wrong_list=[002_S_0938,007_S_1304,016_S_4121,029_S_4279,136_S_0429]ifnotos.path.exists(target_img_path):os.makedirs(target_img_path)#递归的建立输入的路径，即使是上层的路径不存在，它也会建立这个路径ifnotos.path.exists(target_label_path):os.makedirs(target_label_path)img_list=os.listdir(target_path)#获得重命名标签的源文件fori,imginenumerate(img_list):#将源文件名称组合成一个索引序列，同时列出名称和对应的下标，一般用在for循环中ting=nib.load(target_path+img)#加载源文件image=ting.get_data()#获取源文件的数据部分image=image.transpose(2,1,0)#原始数组为三维数组(x,y,z),则原始axis排列为(0,1,2),则transpose()的默认参数为(2,1,0),#得到转置后的数组视图，不影响原数组的内容以及大小，这里实际上是x轴和z轴进行了交换image=image[:,:,1:-1,:]#进行了一个左右翻转label=nib.load(label_path+img)#加载标签文件label=label.get_data()#获取标签

预处理实现流程03

搭建Python处理环境环境搭建清除pip缓存并取消代理设置，使用清华大学镜像源安装nibabel库，导入numpy、os、nibabel和shutil模块。路径管理定义原始label目录、原始image目录等7个路径变量，自动创建不存在的目录路径。解压并读取文件解压指定目录下的.zip文件，递归读取.nii和.nii.gz格式文件，统计解压和读