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计算机辅助药物设计试卷及答案

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.在药物设计中，用于描述配体与靶点结合所需的关键化学基团和空间排列的模型称为？

A.3D-QSAR

B.Pharmacophore

C.CoMFA

D.Docking

2.下列哪种技术主要基于配体本身的性质和结构来预测其与不同靶点的结合亲和力？

A.分子对接

B.基于结构的药物设计

C.基于ligand的药物设计

D.分子动力学模拟

3.在进行分子对接时，用于评估分子间相互作用能量和稳定性的函数称为？

A.构象搜索算法

B.接口规划算法

C.评分函数(ScoringFunction)

D.药物设计平台

4.下列哪个软件包通常不用于分子对接计算？

A.AutoDock

B.GOLD

C.MOE

D.GROMACS

5.用于描述分子在三维空间中不同原子间距离的统计方法，常用于QSAR研究的是？

A.PharmacophoreModeling

B.PrincipalComponentAnalysis(PCA)

C.MultipleLinearRegression(MLR)

D.CoMFA

6.在药物设计中，ADME通常指的是？

A.亲和力、溶解度、代谢、排泄

B.亲和力、构象、代谢、效率

C.亲和力、剂量、代谢、效应

D.吸收、分布、代谢、排泄

7.以下哪个参数与药物的口服生物利用度直接相关？

A.LogP

B.LogD

C.pKa

D.LogS

8.分子动力学模拟的主要目的是什么？

A.预测蛋白质的二级结构

B.搜索数据库中与已知活性分子结构相似的化合物

C.模拟分子在生理条件下的动态行为和相互作用

D.计算分子的绝对构型

9.在药物设计流程中，通常首先需要进行哪一步？

A.分子对接

B.虚拟筛选

C.靶点选择与验证

D.ADMET预测

10.Pharmacophore合成是指？

A.通过实验合成具有特定药效的分子

B.通过计算机模拟构建代表药物分子关键结合特征的模型

C.合成多个类似物并进行活性测试以建立构效关系

D.合成药物的前体化合物

二、填空题（每空1分，共15分）

1.基于结构的药物设计（SBDD）利用________的三维结构信息来设计新药。

2.基于ligand的药物设计（LBDD）主要利用已知活性化合物的________和性质来进行药物设计。

3.分子对接流程通常包括________、能量评估和排序筛选等步骤。

4.用于描述分子形状和电性特征的图谱称为________。

5.CoMFA和CoMSIA是常用的________技术，它们通过比较分子的三维结构信息和生物活性来建立构效关系模型。

6.虚拟筛选是指利用计算方法从大型化合物数据库中快速筛选出与靶点具有潜在结合活性的分子。

7.分子对接中常用的评分函数可以分为基于力学的方法和基于经验的方法两大类。

8.ADMET研究通常在药物开发的________阶段进行，以评估药物的成药性。

9.分子动力学模拟需要设置系统的初始构象、温度、压力等________条件。

10.药物设计的最终目标是发现具有良好药理活性、安全性及________的候选药物。

三、简答题（每题5分，共20分）

1.简述基于结构的药物设计（SBDD）的基本流程。

2.简述虚拟筛选在药物设计中的作用及其主要方法。

3.简述分子对接技术的基本原理及其在药物设计中的应用。

4.简述影响药物成药性的关键因素（至少列举四项）。

四、计算与分析题（每题10分，共20分）

1.某研究小组设计了一系列以化合物A为先导的衍生物，测试了它们的酶抑制活性（单位：nM）。请根据以下数据：

|化合物|R基团|抑制活性(IC50,nM)|

|:-----|:------|:-----------------|

|A|H|500|

|B|CH3|150