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基于转录组测序剖析大岩桐花萼与幼叶差异表达基因及功能

一、引言

1.1研究背景与目的

1.1.1研究背景

大岩桐（Sinningiaspeciosa），作为苦苣苔科大岩桐属的多年生草本花卉，凭借其绚丽多彩的花朵、丰富多样的花色以及独特的花型，在全球花卉市场中占据着重要地位，深受花卉爱好者与园艺工作者的青睐。大岩桐不仅具有极高的观赏价值，常被用于室内盆栽观赏、花坛布置以及切花生产，为人们的生活增添了丰富的色彩和美感；还在植物进化与发育生物学研究领域具有独特的价值，其独特的花器官发育模式和遗传特性，为探究植物的进化历程和发育机制提供了理想的研究模型。

在植物的生长发育进程中，不同组织和器官的形成与功能实现，均依赖于基因的差异表达。花萼与幼叶，作为植物生长发育过程中的重要器官，在结构和功能上存在显著差异。花萼，作为花的最外轮结构，宛如忠诚的卫士，在花朵发育的早期阶段，紧紧包裹和保护着内部的幼嫩花器官，为其正常发育提供稳定的环境；同时，在花开放后，花萼又以其独特的形态和色泽，参与到吸引传粉者的过程中，为植物的繁衍贡献力量。而幼叶，作为植物进行光合作用的重要场所，是植物生长发育的能量工厂，通过光合作用，将光能转化为化学能，为植物的生长、发育和繁殖提供物质和能量基础；此外，幼叶还在植物激素合成、信号传导以及对环境变化的响应等方面发挥着关键作用。

深入探究大岩桐花萼与幼叶的差异表达基因，具有多方面的重要意义。从植物发育生物学的理论层面来看，这有助于我们深入理解植物器官分化和发育的分子机制，揭示基因在不同组织和器官中的时空表达规律，为构建完整的植物发育调控网络提供关键节点信息，从而推动植物发育生物学的发展。从花卉产业的实践应用角度而言，对大岩桐花萼与幼叶差异表达基因的研究成果，能够为花卉品种改良和创新提供坚实的理论依据和技术支持。通过精准调控相关基因的表达，我们有望培育出具有更优良观赏性状的大岩桐新品种，如花朵更大、花色更鲜艳、花型更独特，以及具有更强抗逆性和适应性的品种，满足市场对高品质花卉的需求，推动花卉产业的可持续发展。

1.1.2研究目的

本研究旨在运用先进的高通量测序技术和生物信息学分析方法，对大岩桐花萼与幼叶进行深入的转录组测序分析，全面、系统地挖掘两者之间的差异表达基因。在此基础上，通过严谨的生物信息学分析，深入解析这些差异表达基因的功能和潜在的调控机制。具体而言，我们将利用基因本体（GO）富集分析，对差异表达基因进行功能分类，明确其在生物过程、分子功能和细胞组成等方面的具体作用；运用京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，探究差异表达基因参与的主要代谢途径和信号转导通路，揭示其在植物生理过程中的调控网络；结合实时荧光定量PCR（qRT-PCR）等实验技术，对关键差异表达基因进行验证和表达模式分析，确保研究结果的准确性和可靠性。通过本研究，我们期望能够揭示大岩桐花萼与幼叶发育差异的分子基础，为深入理解植物器官发育的分子机制提供新的视角和理论依据，同时也为大岩桐及其他花卉的遗传改良和品种创新提供具有重要应用价值的基因资源和技术支撑。

1.2国内外研究现状

在国际上，关于大岩桐的研究涵盖多个领域。在花型发育方面，中国科学院植物研究所王印政研究组针对大岩桐属套筒花开展研究，通过对叶绿体DNA和核基因片段的分子系统分析，明确了15个套筒花栽培种源于大岩桐属特定支系内不同物种间的杂交事件。研究发现，这些栽培种的套筒花表型由单基因显性突变导致，获得了相同的B类MADS-box显性等位基因GLO1-A2。在该基因起始密码子上游鉴定到微型反向重复转座元件（MITE），其中包含TCP转录因子结合元件，经RNA-seq和瞬时基因表达实验证实了TCP转录因子对其启动子的转录激活作用，充分证明了GLO1-A2显性等位基因在控制套筒花形成中的关键作用。

在转录组研究领域，费元等人利用新一代高通量测序技术平台IlluminaSolexaGAⅡx对大岩桐花萼和幼叶进行转录组测序及生物信息学分析。研究获得了长度大于100bp的转录物22,821条，转录本总长度28.63Mb，N50长度1,548bp，序列平均长度953bp。转录物注释结果显示，15,053条有同源比对信息，7,768条无匹配序列信息，可能为大岩桐特有的基因序列。通过对花萼、幼叶中与激素代谢、信号转导相关的差异KEGG通路比较，推断在花萼中促进生长激素合成基因的表达比幼叶中强，激素信号转导组分基因的表达也比幼叶中强。

国内对大岩桐的研究也取得了一定成果。在繁殖和栽培技术方面，众多学者开展了相关研究。例如，谢吉容、李国昌、梁国鲁综述了大岩桐的种苗繁殖方法、栽培养护技术、生理适应性和育种进展