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FPGA赋能分子动力学计算系统：架构、优化与应用突破

一、引言

1.1研究背景与意义

分子动力学计算作为一种强大的模拟技术，在众多科学领域中发挥着举足轻重的作用。在生物分子领域，它能够模拟蛋白质、核酸等生物大分子的动态行为，有助于深入理解生命过程的微观机制，为药物研发、疾病诊断和治疗提供关键的理论支持。例如，通过分子动力学模拟可以研究药物分子与靶蛋白的相互作用，预测药物的疗效和副作用，加速新药的开发进程。在材料科学领域，分子动力学计算可用于探索材料的原子结构与宏观性能之间的关系，助力新型材料的设计与优化。比如，研究纳米材料的力学、电学和热学性质，为其在电子、能源等领域的应用提供理论依据。在物