不同qPCR平台与参考材料对肠球菌计数影响研究.pdfVIP

waterresearch47(2013)233–241

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定量PCR方法中平台、参考材料和量化模型对肠球菌计数的影响

a,*西瓦甘内桑b·cA.德尼恩·布莱克伍德d·T·诺布尔d理查德·A·豪

兰德e约翰·F·格里菲斯a斯蒂芬·B·韦斯伯格a

a南加州沿海研究项目，3535HarborBlvd,Suite110,CostaMesa,CA92626,b环境保护署，研究与发展，国

家风险管理研究，26WestMartinLutherKingDrive,Cincinnati,OH45268,c拉辛市门，730WashingtonAve,

Racine,WI53403,d北卡罗来纳大学教堂山分校海洋科学，3431ArendellSt,MoreheadCity,NC28557,环境保护署，

国家研究，26WestMartinLutherKingDrive,Cincinnati,OH45268,

文章信息

文章：收到日期：2012年2月9定量聚合酶链反应（qPCR）越来越多地用于海滩水中粪便指示菌的定量检测。qPCR可以实现当天

日收到修订稿日期：发布健康警告，其应用正在被考虑作为用水质量测试的一个选项（USEPA,2011.

接受日期：网络EPA‑OW‑2011‑0466,FRL‑9609‑3,草案用水质量和科学观点请求）。然而，将

日期：qPCR从研究工具过渡到常规水质测试需要了解各种方法变化如何影响目标计数。在这里，我们使用

三种qPCR平台（AppliedBiosystemStepOnePlus、BioRadiQ5和CepheidSmartCycler

II）、两种参考材料（冻干细胞和滤膜上的冷冻细胞）以及两种比较CT定量模型（DCT和DDCT）

比较了qPCR的性能和加标及环境水样中肠球菌的计数。参考材料的影响最大，结果一致相差约

0

0.5对数单位。平台的影响最小，通常对最果的影响为.1对数单位。在本研究中，定量

：用水质量快速1010

模型导致的差异较小（0.04至0.2对数单位），但在可能受抑制的样本中，差异可能高达8倍

指标分子检测定量10

（0.9对数单位）。我们的发现表明需要一个认证的参考材料，并需要进一步的研究来评

PCR仪器比较CT10

估定量模型在PCR抑制样本分析中的适用性。

a2012ElsevierLtd.。

1.引言社区，因为它可以在收到样本后2e4小时内结果，而基于培养的

方法需要18e96小时（Haugland等人，2005；Noble等人，2010）。

定量聚合酶链反应（qPCR）在海滩水测中越来越受到关注