2025版医院基因检测(遗传病肿瘤基因)知情同意书.docxVIP

2025版医院基因检测(遗传病肿瘤基因)知情同意书

一、项目背景与目的

1.1本项目依托国家精准医学战略，采用高通量测序、多重连接探针扩增、实时荧光定量PCR、甲基化芯片、RNA-seq、单细胞测序、长读长测序、表观遗传组学、人工智能变异解读平台等技术，对受检者外周血、唾液、组织、胸腹水、脑脊液、羊水、绒毛、脐带血、胚胎活检等样本进行DNA/RNA水平的全景分析，目标在于：

①明确遗传病致病基因变异，评估再发风险；

②发现肿瘤驱动突变、遗传易感突变、耐药突变、超进展突变、免疫疗效相关突变，指导靶向、免疫、化疗、放疗、细胞治疗、新抗原疫苗、溶瘤病毒、ADC、双抗等个体化方案；

③评估药物代谢酶、转运体、HLA、免疫相关基因多态性，降低严重不良反应发生率；

④建立家系级联筛查路径，实现一级、二级、三级预防；

⑤构建动态监测体系，通过液体活检追踪微小残留病灶、早期复发、克隆演化；

⑥为胚胎植入前遗传学检测、配子捐赠、生育力保存、遗传咨询、保险精算、公共卫生政策提供循证数据。

1.2检测范围覆盖全外显子组、全基因组、靶向Panel、表观基因组、转录组、线粒体基因组、病原微生物组、TCR/BCR克隆谱系、HLA分型、端粒长度、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷、同源重组缺陷、新抗原负荷、免疫微环境评分、甲基化年龄、端粒酶活性、循环游离DNA片段组学特征、外泌体RNA、ctDNA甲基化单倍型、染色体外环状DNA等。

二、检测路径与样本要求

2.1遗传病方向

①单人全外显子：EDTA抗凝外周血≥2mL或唾液≥2mL；

②核心家系（Trio）：先证者+生物学父母，建议同步采集；

③产前诊断：羊水≥20mL（孕17–24周），绒毛≥10mg（孕11–14周），脐带血≥1mL（孕≥20周），需无菌密封，4℃冷链，2小时内送达；

④胚胎植入前检测：第5–7天囊胚滋养层活检3–8个细胞，置于PBS缓冲液，-20℃运输；

⑤组织活检：新鲜冰冻组织≥30mg，或石蜡包埋组织卷片≥6片，厚度5μm，肿瘤细胞占比≥20%；

⑥线粒体病：优先采集肌肉、尿液沉渣、毛囊、口腔黏膜细胞；

⑦动态突变：FMR1、DMPK、HTT、C9orf72、RFC1、FXN等需长片段PCR+重复引物PCR+Southernblot验证；

⑧印记病：需甲基化特异性多重连接探针扩增+甲基化芯片；

⑨嵌合体：建议皮肤成纤维细胞、尿沉渣、口腔黏膜多部位采样。

2.2肿瘤方向

①初诊全景版：组织+外周血配对，组织≥50mg，血液≥8mLStreck管；

②液体活检版：Streck管外周血≥16mL，2小时内分离血浆，-80℃保存；

③复发监测版：每3–6个月采集外周血≥16mL，动态追踪突变丰度；

④免疫治疗版：同步采集外周血PBMC≥5mL，用于TCR-seq、HLA分型、新抗原预测；

⑤脑脊液版：≥5mL，无菌收集，4℃冷链；

⑥胸腹水版：≥50mL，离心后细胞沉淀+上清分别保存；

⑦儿童肿瘤：建议加做RNA-seq融合、甲基化芯片、全基因组低深度测序，以识别CNS-PNET、肉瘤、神经母细胞瘤特征；

⑧遗传性肿瘤综合征：需外周血+肿瘤组织配对，重点筛查BRCA1/2、TP53、PTEN、APC、MUTYH、MMR、CDH1、STK11、VHL、MET、RET、SDHB、PALB2、ATM、CHEK2、NBN、BARD1、BRIP1、RAD51C/D等。

三、技术流程与质控

3.1实验流程

样本接收→唯一二维码双盲编号→核酸提取→Qubit/PicoGreen定量→Agilent4200片段分析→文库构建（酶切/超声/转座子/PCR-free）→杂交捕获（液相探针/固相芯片）→高通量测序（NovaSeqXPlus/DNBSEQ-T20/PacBioRevio/ONTPromethION48）→下机数据过滤（Q30≥85%）→比对（BWA-MEM2/minimap2/STAR）→去重（Picard/GATK）→变异检测（GATK-HaplotypeCaller/DeepVariant/Strelka2/Mutect2/Lancet/VarDict/SvABA/Manta/CNVkit/GATK-gCNV/MSIsensor2/HRDetect）→注释（ANNOVAR/VEP/SnpEff/OncoKB/ClinVar/HGMD/gnomAD/ChinaMAP/COSMIC/TCGA/ICGC/CIViC/JAX-CKB/PMKB）→人工智能再过滤（DeepSEA/CADD/REVEL/SpliceAI/PrimateAI