SPKTool使用手册：简介、安装与数据处理.pdfVIP

目录

1简介及安装3

1.1简介3

1.2安装及界面3

2数据文件4

2.1原始记录数据4

2.2锋电位波形数据4

2.3数据保存和导出5

3锋电位检测5

3.1峰值密度分布曲线5

3.2锋电位检测界面5

4锋电位特征提取6

4.1特征定义6

4.2特征修改7

4.3特征分布散点图8

4.4特征密度图8

4.5特征对比图9

4.6主成份9

5聚类分析9

5.1参数设置9

5.2手动聚类10

5.3自动聚类方法10

5.4聚类结果调整11

6绘图功能11

6.1锋电位波形11

6.2特征分布图12

6.3时间间隔(ISI)分布12

6.4间隔-时间分布图13

6.5图13

6.6放电频次阶梯图13

6.7放电光栅图14

6.8相关函数图14

6.9刺激前后放电直方图PSTH15

6.10刺激前后放电光栅图15

7批处理16

1简介及安装

1.1简介

SPKtool是一个在MATLAB平台上编写的神经元锋电位分析工具软件，了从锋电位检测、

特征提取、聚类分析到放电序列分析的各种功能：

锋电位检测：

➢显示记录信号中锋电位峰值的分布曲线；

➢通过阈值检测锋电位；

➢通过原始信号、能量、非线进行检测；

➢三种锋电位波形对齐方式：阈值、波谷、波峰。

➢GUI交互式界面。

特征提取：

➢多种常用特征：PCA，峰值、能量等；

➢小波方法；

➢特征分别图，特征密度分布图等。

聚类分析：

➢K-means；

➢模板匹配；

➢基于高斯混合模型的EM算法；

➢Valleyseeking；

➢通过绘制轮廓线，手动聚类；

➢对聚类结果进行合并，删除等。

动作电位串分析：

➢相邻动作电位间隔分布图(ISI)；

➢Poincaremap；

➢相关函数图；

➢锋电位分布光栅图；

➢放电频次直方图；

➢刺激前后放电直方图（PSTH）；

➢刺激前后放电光栅图。

1.2安装及界面

本程序在MATLAB7.1SP3上开发完成，可能需要该版本或更新的版本的MATLAB才能运行。

SPKtool需要统计工具包支持。

将程序压缩包拷贝到MATLAB中的work目录下，解压缩，产生SPKtool目录。在MATLAB中，

选择菜单File-SetPath…，在“SetPath”框中选择“AddwithSubfolders…”，把该目录及子目

录添加到MATLAB的路径中去，选择“Save”按钮保存。