实验四蛋白质序列结构的获取和显示2讲课文档.ppt

实验四蛋白质序列结构的获取和显示;（优选）实验四蛋白质序列结构的获取和显示;实验项目四：蛋白质序列、结构的获取和显示

一、实验目的和要求：

掌握蛋白质序列数据库Uniprot的查询方法及格式特点

掌握蛋白质结构数据库PDB的及格式特点

掌握蛋白质结构显示软件Pymol的使用

;;2.数据来源;UniProt的网址：;3.数据查询

Uniprot检索号，包括6个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。

也可以用关键词检索

;检索演示;;;*;*;*;与其他数据库的链接;*;4.UniProt数据格式;;交叉引用数据库区;序列区;DNA代码;FASTA文件格式;在Uniprot中查询拟南芥的光敏色素phyE编码蛋白的详细信息，阅读序列格式的解释，列出共包含哪几个部分？标出头部区主要字段的含义。

在Uniprot中查询（1）拟南芥油菜素内酯受体gibberellinreceptorGID1C、（2）水稻独角金内酯水解酶strigolactonehydrolaseD14的蛋白质序列，这两个蛋白包含多少个氨基酸？写出它们所对应的mRNA检索号（类似于这样的格式N*_*****）、GeneID号。;二蛋白质结构数据库;PDB数据库(proteindatabank);2.数据来源

通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。

主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。;3.数据统计

截止2013年11月，PDB数据库已含有95644个结构数据，其中约92.5%是蛋白质的结构。;第27页，共56页。;4.数据查询

PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。

PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。;检索演示;第一步：

输入关键字“HUMANTEARLIPOCALIN”

也可输入ID号;第二步：

选择人类泪液载脂蛋白1XKI;数据查看：;;第34页，共56页。;第四步：

1XKI结构展示图;第36页，共56页。;;5.数据结构;

在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名???和原子的三维坐标。;PDB文本文件，用写字板打开;第41页，共56页。;一级结构;二级结构;连通性部分?;三结构显示软件-PyMOL简介;点击all中的H，选择everything，隐藏所有

点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质

点击3ODU中的C，选择byss，以二级结构分配颜色，选择

点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体;点击选择ITD，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择renameselection，窗口中出现;IDT行点击A选择find，选择polarcontacts，再根据需要选择，这里选择tootheratomsinobject,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red，把氢键显示为红色。

;接着再显示跟IDT形成氢键的残基;第50页，共56页。;第51页，共56页。;;第53页，共56页。;;第55页，共56页。;谢谢大家！