《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》.docxVIP

《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》

为规范临床分子病理实验室二代基因测序（NextGenerationSequencing,NGS）检测全流程管理，保障检测结果的准确性、可靠性与临床适用性，依据《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》《医疗器械监督管理条例》《临床分子病理学实验室质量和能力要求》等法规文件，结合ACMG、AMP、CAP等国际权威机构发布的指南及国内临床实践经验，制定本共识。

1实验室基本要求

1.1人员资质

实验室需建立明确的岗位责任制度，各岗位人员需满足以下要求：

（1）实验室负责人：需具备病理学或分子生物学相关专业副高级及以上技术职称，拥有5年以上分子病理检测工作经验，熟悉NGS检测全流程及质量管理要求，具备实验室异常结果处置与风险防控能力。

（2）实验操作人员：需具备医学检验、分子生物学等相关专业大专及以上学历，经过省级及以上临床检验中心组织的基因扩增技术培训并考核合格，持证上岗，每年接受不少于40学时的NGS相关继续医学教育，定期参与操作技能考核，考核不合格者不得独立开展实验操作。

（3）生物信息分析人员：需具备生物信息学、计算机科学、分子生物学等相关专业本科及以上学历，经过NGS生物信息分析专项培训，掌握测序数据质控、比对、变异识别、注释等全流程分析技能，熟悉各类权威基因组数据库的使用规则。

（4）报告解读与审核人员：需具备执业医师资格，注册范围为病理学，经过分子病理与NGS解读专项培训，熟练掌握肿瘤分子分型、靶向药物匹配、遗传变异分类等相关知识，其中报告终审人员需具备病理学副高级及以上职称；开展胚系突变、遗传病相关NGS检测的实验室，需配备至少1名具备临床遗传咨询资质的人员参与报告审核。

1.2场地与环境管控

实验室需按NGS检测流程的污染风险等级设置独立的物理分区，各分区完全隔离，不得存在空气交叉流通，区域设置与气流管控需满足以下要求：

（1）分区设置：至少包含试剂储存与准备区、样本制备区、文库制备与扩增区、测序与数据分析区4个独立分区，开展液体活检、低丰度突变检测的实验室需单独设置游离核酸提取专用分区。

（2）气流与压差管控：各分区需配置独立的新风与排风系统，气流方向严格从低污染区向高污染区单向流动，其中试剂储存与准备区维持正压（+10~+15Pa），样本制备区维持微正压（+5~+10Pa），文库制备与扩增区维持负压（-5~-10Pa），测序与数据分析区维持常压。

（3）区域管理：各分区配备专用的移液器、离心机、离心管、枪头等实验耗材，不得跨区混用；各分区工作服采用不同颜色标识，人员进入需严格遵循单向流动规则，不得逆向穿行；实验结束后各分区采用10%次氯酸钠擦拭台面、75%乙醇擦拭设备表面，紫外线照射消毒30min以上。

（4）环境监测：每2周开展一次环境拭子采样监测，采样范围包含各分区台面、移液器头、离心机内壁、门把手等高频接触位置，监测指标包含人基因组DNA污染、建库接头序列污染、阳性质控品突变序列污染，任意一项指标阳性需立即暂停对应区域实验，排查污染源并完成整改后方可重启实验。

1.3设备与试剂管理

（1）设备管理：所有涉及检测的设备需建立完整的校准与维护记录，其中移液器每3个月校准1次，容量误差需控制在±5%以内；荧光定量PCR仪每年校准1次，温度误差≤±0.5℃；测序仪每次运行需配套质控品验证测序质量，每6个月由厂家开展一次全性能校准。

（2）试剂管理：优先选用经国家药品监督管理局（NMPA）获批的三类NGS检测试剂，试剂储存条件、有效期严格符合说明书要求，每批次试剂开展使用前性能验证，验证指标包含核酸提取回收率≥80%、提取核酸纯度OD260/280维持在1.8~2.0之间、建库成功率≥95%、突变检出符合率100%；采用实验室自建项目（LDT）试剂的，需符合《医疗机构临床基因检测实验室自建项目管理规范》要求，完成完整的性能验证后向省级临床检验中心备案，所有试剂验证记录需保存至少5年。

1.4伦理与合规管理

所有开展的NGS检测项目需经所属医疗机构伦理委员会审批通过，检测前需向受检者充分告知检测目的、检测范围、局限性、费用、遗传风险及数据用途等信息，签署知情同意书；开展胚系突变、产前相关NGS检测的，需额外告知受检者亲属遗传风险、产前诊断的适用范围等内容，严禁开展非医学需要的胎儿性别鉴定相关检测；受检者基因数据属于敏感个人信息，需严格遵循《中华人民共和国个人信息保护法》《生物安全法》要求加密存储，授权访问，未经受检者书面同意不得向第三方泄露，用于科研用途的需完成去标识化处理并经伦理委员会批准。

2分析前质量控制

2.1样本采集与送检要求

针对不同样本类型的采集、储存、转运需满足以下标准：

（1）石蜡包埋组织（FFPE）样本：手术或活检获取的FFPE样