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《临床基因组测序解读与报告专家共识》

为规范临床基因组测序的解读与报告行为，保障检测结果的科学性、准确性与临床适用性，中华医学会医学遗传学分会、中国医师协会医学遗传医师分会联合组织国内临床遗传学、基因组学、分子诊断学、生命伦理学领域专家，基于国内外最新指南、行业标准及中国人群临床实践数据，制定本共识。本共识适用于临床开展的人类生殖系基因组测序（含全基因组测序、全外显子组测序、靶向基因组测序）的解读与报告，不适用于体细胞肿瘤测序、病原宏基因组测序、非临床用途的消费级基因检测。

1术语与核心定义

本共识采用国际通用的变异分类标准与术语体系，具体定义如下：

1.1变异分级：遵循美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）2015版变异分类规则，将所有检出变异分为5类：

致病变异（Pathogenic,P）：已有充分证据证明该变异与疾病发生相关，可作为临床诊断、风险评估的依据

可能致病变异（LikelyPathogenic,LP）：现有证据提示该变异极可能与疾病发生相关，但证据强度未达到致病变异标准，结合临床表型可作为辅助诊断依据

意义不明确变异（VariantofUncertainSignificance,VUS）：现有证据不足以判定该变异的致病性，无法作为临床决策依据

可能良性变异（LikelyBenign,LB）：现有证据提示该变异极可能不具有致病性

良性变异（Benign,B）：已有充分证据证明该变异无致病性，与疾病发生无关

1.2相关发现定义：

首要发现：与受检者送检的临床表型、诊断需求直接相关的变异

次要发现：与受检者送检目的无关，但属于ACMG2021版推荐必报的59个actionable基因范畴的P/LP变异，此类变异携带可干预、可预防的疾病风险

偶发发现：与受检者送检目的无关、也不属于次要发现范畴的P/LP变异

1.3核心质控参数定义：

目标区域覆盖度：测序数据中比对到目标检测区域的碱基占目标区域总碱基的比例

测序深度：目标区域内每个碱基被测序reads覆盖的平均次数

样本污染率：样本中混入的外源DNA占总DNA的比例

2测序前样本与数据质控要求

所有用于临床解读的基因组测序数据必须满足以下质控标准，不合格样本不得进入解读流程：

2.1样本质控要求

外周血样本：DNA浓度≥50ng/μL，OD260/280值为1.8~2.0，RNA完整性指数（RIN）≥7，无明显降解

产前样本（羊水、绒毛、脐血）：DNA浓度≥20ng/μL，母体细胞污染率≤1%，无明显细菌污染

干血斑、唾液等特殊样本：DNA浓度≥10ng/μL，降解片段长度≥100bp

2.2测序数据质控要求

全外显子组测序：目标区域覆盖度≥99%，平均测序深度≥100×，20×以上覆盖占比≥98%，reads比对率≥98%，重复序列占比≤15%

全基因组测序：平均测序深度≥30×，10×以上覆盖占比≥99%，reads比对率≥99%，重复序列占比≤10%

靶向基因组测序：目标区域覆盖度≥99.5%，平均测序深度≥200×，50×以上覆盖占比≥99%，reads比对率≥98%

2.3不合格样本处理：质控不合格样本需在7个工作日内告知送检方，建议重新采样；无法重新采样的特殊样本，需在报告中明确标注质控缺陷及可能带来的解读偏差，经送检方书面同意后方可进入解读流程。

3变异解读规范流程

所有变异解读需遵循标准化流程，确保解读结果可追溯、可重复：

3.1变异注释要求

必须使用权威、更新及时的数据库完成变异注释，每6个月更新一次注释数据库：

人群频率数据库：优先使用gnomADv3.1、ChinaMAP、华夏万人基因组等包含中国人群数据的数据库，排除人种频率偏差

转录本数据库：优先选择MANE（NCBI与EMBL-EBI匹配注释）参考转录本，无MANE转录本的选择疾病相关的最长编码转录本

疾病关联数据库：使用ClinVar、OMIM、HGMDProfessional、LOVD等经过人工审核的数据库，未经过功能验证的文献报道仅可作为支持证据

功能预测数据库：错义变异需至少使用3种以上功能预测工具（含PolyPhen-2、SIFT、REVEL），剪接变异需使用SpliceAI、MaxEntScan等剪接预测工具

3.2变异分级规则

严格按照ACMG28条证据规则完成变异分级，结合ClinGen针对不同疾病的专项证据调整标准，证据链需完整可追溯：

致病变异判定需满足以下任一条件：①1条非常强证据（PVS1）+≥1条强证据（PS），或≥2条中等证据（PM），或1条PM+≥2条支持证据（PP）；②≥2条PS；③1条PS+≥3条PM；④1条PS+2条PM+≥2条PP

可能致病变异判定需满足以下任一条件：①1条PVS1+1条PP；②1条P