实验四蛋白质序列结构的获取和显示.ppt

实验项目四：蛋白质序列、结构的获取和显示

一、实验目的和要求：

掌握蛋白质序列数据库Uniprot的查询方法及格式特点

掌握蛋白质结构数据库PDB的及格式特点

掌握蛋白质结构显示软件Pymol的使用

;;2.数据来源;UniProt的网址：;3.数据查询

Uniprot检索号，包括6个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。

也可以用关键词检索

;检索演示;;;*;*;*;与其他数据库的链接;*;4.UniProt数据格式;;交叉引用数据库区;序列区;DNA代码;FASTA文件格式;在Uniprot中查询拟南芥的光敏色素phyE编码蛋白的详细信息，阅读序列格式的解释，列出共包含哪几个部分？标出头部区主要字段的含义。

在Uniprot中查询（1）拟南芥油菜素内酯受体gibberellinreceptorGID1C、（2）水稻独角金内酯水解酶strigolactonehydrolaseD14的蛋白质序列，这两个蛋白包含多少个氨基酸？写出它们所对应的mRNA检索号（类似于这样的格式N*_*****）、GeneID号。;二蛋白质结构数据库;PDB数据库(proteindatabank);2.数据来源

通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。