利什曼原虫比较基因组分析揭示物种特异性基因与正选择特征.pdfVIP

CS374:生物算法（2010年春季）

Peacock,C.S.等.三种导致不同人类疾病的利什曼原虫的比较组分析（2007）。Nature

Genetics39:839–847

比较组分析通常用于识别跨物种的高度保守序列。先前的研究表明，保守序列可能受到

负选择，并对物种适应性具有关键功能，而特异于个别物种的序列则可能参与该物种的特征

功能。在本文中，作者比较了利什曼原虫属下的三种物种的组，以识别可能参与

致病性的独特序列：巴西利什曼原虫、婴儿利什曼原虫和主要利什曼原虫，这些寄生

虫在全球范围内引起严重的，临床表现各异。

他们发现，尽管预测的物种分化时间很长，这三种物种的组高度保守：在三个物种

有200个不同的，以及78个仅存在于个别物种中的。这些少量的了可手动调

查的可行目标。编码转座元件和RNA干扰（RNAi）的仅在巴西利什曼原虫中被鉴定出来。

利什曼婴儿型和利什曼主要型缺乏转座元件可能有助于其相对组稳定性。此外，在这两

种物种中也发现了转座子和RNAi机制的残余，表明它们可能在利什曼原虫分化之前就存在。

比较组分析显示，串联重复和假形成对