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微生物分类学（microbialtaxonomy）

是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群（taxon）的科学

它的具体任务有三即

分类（classification）

鉴定（identification）

命名（nomenclature）;生物分类的二种基本原则：;章节内容;命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；;一、分类单元及其等级;常用的细菌分类学术语：;3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。;4）种（species）：物种，生物分类中基本的分类单元;二、微生物的命名;例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）

Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919

例2：枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）

Bacillussubtilis（Ehrenberg）Cohn1872;由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准，

为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，

细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”;第二节微生物在生物界的地位;二、三域学说及其发展;选用16SrRNA进行研究的主要原因是：

16SrRNA普遍存在于原核生物和真核生物