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基于计算的蛋白质复合物检测方法国内外研究现状文献综述

目前可以将基于计算的蛋白质复合物检测方法主要分为六个种类REF_Re\r\h[8]：基于图论、基于流模拟、基于谱聚类、基于监督聚类、基于核心连接和基于群体智能的方法。

基于图论主要分为三类：基于密度、基于层次和基于划分的方法。

（1）为了发现密集连接子图，基于密度的方法可被分为以下三种REF_Re\r\h[9]：通过全部列举识别完全连通子图、SPC聚类技术和MC优化算法。Bader等人提出了分子复合物挖掘MCODE（MolecularComplexDetection）算法REF_Re\r\h[10]，该算法将所有顶点加权后选择权值最大的顶点当作种子节点，由此出发基于阈值递归寻找满足条件的顶点进行扩展，但该方法挖掘出的子图不能保证紧密连接。2006年，Altaf-UI-Amin等人改进了MCODE并提出DPClus（DevelopmentClustering）算法REF_Re\r\h[11]，该算法同样是先赋予顶点权值值并选择最大权值顶点当作初始簇，接着依次从外部添加与它具有高度连接性的顶点进行迭代扩展，但该方法难以识别重叠率较低的复合物。同年，Adamcsek等人开发出了CFinder软件REF