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蛋白质动态模拟代理：分子动力学与深度学习耦合的构象变化预测

本报告概述

蛋白质动态模拟正经历从“静态快照”向“动态电影”的范式跃迁。本报告聚焦于一种新兴的智能计算实体——蛋白质动态模拟代理（Agent），深度剖析其如何通过耦合分子动力学（MD）与深度学习（DL），实现自主决策、实时分析并发现隐藏药物结合口袋，从而重塑药物发现与生命科学基础研究的底层逻辑。

本研究全景式扫描了该领域的核心趋势，发现三大关键信号：一是结构性趋势，即MD与DL的深度融合已从理论验证进入工程化应用加速期，深度学习力场正逐步替代经典力场。二是跨界融合趋势，表现为自主智能体（Agent）架构与物理模拟的交