基因本体基础用法与数据结构.pdfVIP

基本

GO用法

R.

Gentleman

2020年4月27日

简介

在本中，我们描述了从本体（GO）（The

Gene

Ontology

Consortiu

m,

2000）获取的数据的基本特征，以及这些数据如何被整合到Bioconductor中。

我们假设读者已经熟悉GO的基本DAG结构以及GOA（Camon等，2004）的基

因到GO术语的映射。我们简要考虑这些基本结构和属性。

GO本身是一个结构化的术语体系。该本体描述及其产物，并分为三个独立

的本体：一个用于细胞组分（CC），一个用于分子功能（MF），一个用于生物过程

（BP）。在适当的情况下，我们保持这些区分。术语之间的关系是父子关系，其中

任一术语的父项比子项更不具体。双向映射可以是一对多（因此一个子项可能有多个

父项，一个父项可能有多个子项）。所有本体都有一个单一的根节点，同时每个上述

三个本体也有单独的根节点。这些术语以有向无环图（DAG）的形式组织。

GO本身仅是术语的集合；的描述、产物的功能、它们的作用位置等信

息并不直接与术语相关联。到术语的关联由其他项