丝氨酸与水相互作用的量子化学研究.pdfVIP

第34卷／第6期／ 河北师范大学学报／自然科学版／ VOI．34№．6 2010年11月 JDURNALOFHEBEINORMALUNfV￡RSn了／NaturaIScienceEdition／ №v．2010 丝氨酸与水相互作用的量子化学研究 李晓艳， 张雪英， 孟令鹏， 郑世钧， 曾艳丽 (河北师范大学计算量子化学研究所。河北石家庄050016) 种可能存在的构型．用完全均衡方法对基函数重叠误差进行了校正，计算了分子间的相互作用能．结果表明，H20 与丝氨酸分子中的一OH，一C00H中的一OH以及与一NH2相连的C上的H形成的3个氢键结构的稳定性最强． 电子密度拓扑分析结果表明，丝氨酸与水分子同的作用以静电作用为主，较强的化学键具有较强的离子性． 关键词：丝氨酸；氢键；分子问相互作用；电子密度拓扑分析 中图分类号：064l 文献标识码：A 文章编号：looO．5854(2010)06．0696．06 氢键广泛存在于大自然中，它的存在影响着很多物质的性质．氢键在生物体内也起着无法替代的重要作 用，影响着生物分子的形状、性质和功能．2种最为重要的生物分子——蛋白质和DNA，也是依靠氢键才得 以形成它们特定的结构．正因如此，氢键在化学、物理、生物及生命科学等领域都非常重要，一直是化学家们 感兴趣的热门领域之一【l-3j． 氨基酸作为蛋白质的基本组成单元，在生物化学领域以及生命过程有着极其重要的作用．研究氨基酸的 结构、性质及其作用机制，对于探索生命过程具有重要的理论意义和实际指导作用．近年来关于氨基酸的研 究越来越多【4．5J，尤其是随着理论化学的发展，有关氨基酸的理论计算的文章也很多，文献表明，氨基酸和水 分子的作用主要是氢键作用【6-9J．氨基酸分子在晶体和溶液状态下主要以两性离子形态存在，只有在气态环 境下才以中性分子形态存在．氨基酸的两极离子主要通过氢键与周围的分子发生相互作用，从而达到稳定． 1个水分子通过氢键作用与1个氨基酸分子形成复合物代表了氨基酸分子水化进面成为溶液的第一步．丝 氨酸是一种重要的生化试剂和药剂，不仅用于生化研究而且已作为第3代氨基酸输液的成分，因此研究丝氨 酸与水分子间的相互作用具有重要意义．到目前为止，丝氨酸与水分子之间的相互作用未见文献报道．本文 中，笔者通过研究丝氨酸和水分子形成氢键的多种可能构型，分析了中性丝基酸分子与水分子间的相互作用 机制，计算结果将为氨基酸体系的动力学和蒙特卡罗模拟提供重要的理论依据． 1研究方法 的复合物进行构型优化，得到各分子的稳定几何构型及能量，并在相同水平上进行频率计算，证明是势能面 均衡校正(counterpoise (AIM)”理论【lo】，对研究体系进行了电子密度拓扑分析，讨论了电子密度、拉普拉斯量等拓扑指标与氢键强 AIM2000[12】完成． 2结果与讨论 如果一个复合物有多个官能团参与形成多重氢键会大大提高复合物的稳定性．因为丝氨酸中羧基 收稿日期：20lO．05．04；修回日期：20lO．06．10 (2007123，2009137．2009138)；河北师范大学科研基金(L2008806．L2009Y1)6) 作者简介：李晓艳(1974一)．女，河北藁城人．副教授，博士，研究方向为计算量子化学． 通讯作者：曾艳丽(1974一)，女．教授，博士．研究方向为计算量子化学．E—mail：yanlizen95@163．∞m 万方数据 ·697· 性，所以它们都可能与H20形成氢键．笔者在研究过程中全面考虑了这一因素，让H20从多个可能的角度 去进攻丝氨酸分子，从而尽可能多地寻找它们之间可能的键连关系． 2．1构型与结合能 法进行构型优化，得到了6个稳定构型，计算结果见图1，其对应的能量关系如表l所示． 距离为O．18990 O．21776 nm；该0原子与H8距离较远，为0．27528nm．而H20中的H17原子距离丝氨酸更远，不太可能形 成氢键．构型l中丝氨酸与H20的结合能为一16．4kJ／m01．